20 февраля 1607 г. Гермоген проводит в Успенском соборе всенародное покаяние, имевшее целью прощение всех, совершивших клятвопреступления в годы Смуты. В Москву привезли старого и уже совсем ослепшего патриарха Иова. От имени всего православного люда была прочитана челобитная-исповедание, в которой испрашивалось прощение у старого патриарха за все нарушения крестного целования и «измены» прежним царям – Борису Годунову и его сыну Фёдору и за крестоцелование «вору» и «Расстриге». Разрешительная грамота, объявлявшая крестоцелование Лжедмитрию I недействительным, была подписана обоими патриархами – Иовом и Гермогеном. Осенью 1607 г. Шуйский, наконец, разделался с Болотниковым, который засел в Туле, захватил его в плен и затем казнил. После этого войско было распущено, а сам царь Василий возвратился в Москву, что вызвало недовольство Гермогена, полагавшего, что успокаиваться рано. Ещё летом того же года произошло событие, придавшее новый импульс затихавшей было гражданской войне: в городе Стародубе-Северском на Украине объявился очередной «царь Дмитрий Иванович», вошедший в русскую историю под именем Тушинского вора. Под знамёнами нового Самозванца собрались многие авантюристы из Польши, казаки, а также остатки разбитой армии Болотникова. Патриарх полагал, что следует немедленно начать военные действия против Самозванца, попытаться истребить зло в самом начале, и осудил царя за преждевременное «успокоение»; однако Шуйский не внял грозным предупреждениям. В начале июня 1608 г. войско Лжедмитрия II подошло к Москве и встало в подмосковном селе Тушино, в 12 верстах от столицы. В стране установилось своеобразное двоевластие: в Москве существовало своё правительство, в Тушино – своё, каждое во главе с законным, с точки зрения его сторонников, царём. Гермоген продолжал всячески поддерживать царя Василия, всеми силами старался обеспечить порядок в Москве, укрепить дух горожан и всех жителей России. Патриарх организовывал всенародные моления о даровании победы над врагами, предавал анафеме изменников, призывал богатых делать пожертвования в пользу правительственных войск, требовал от монастырей доставки припасов для царского войска. Он обращается к тушинцам со словами: «Бывшим православным христианам, а теперь так и не называть вас не велю! Не достанет мне слов, душа болеет, болит сердце, вся внутренняя моя расторгается, все составы моя содрогаются. Плачу и с рыданием вопию: помилуйте, пощадите свои души и души родителей ваших! Остановитесь, вразумитесь и возвратитесь. Вспомните, на кого вы поднимаете оружие: на Бога, создавшего вас, на братьев своих, отечество своё разоряете». Неизбежным следствием осады Москвы становились голод и дороговизна. Патриарх созывает в Успенском соборе купцов и вельмож и увещевает их не поднимать цены на хлеб. Когда его убеждения не подействовали, он приказывает открыть для продажи хлеба амбары Троицкого монастыря, находившиеся в кремлёвском Богоявленском монастыре (подворье Троицкого монастыря). В это время сама Троицкая обитель подверглась нападению польских отрядов Александра Лисовского (1575/1580 – 1616 гг.) и Львы Сапеги (1557–1633 гг.). Гермоген настойчиво убеждает Василия Шуйского оказать помощь прославленной обители (Троицкий монастырь почти полтора года выдерживал осаду; стойкость его защитников, так и не открывших ворота полякам и русским «ворам», во многом спасла Москву от полной блокады). Патриарх рассылает грамоты, призывая жителей городов и волостей не признавать власть Самозванца, но его усилия не приносили результатов.