После низложения Шуйского начинается, по выражению исследователей, исключительное служение Гермогена родине и церкви. Власть в Москве перешла к боярскому правительству, получившему в истории название Семибоярщины. Патриарх оказывается фактически в политической изоляции: ни одно из его требований или предложений не принимается, и, тем не менее, именно теперь его голос звучит с особой силой и пробуждает страну от того чудовищного «сна разума», в котором она пребывала. Прежде всего, перед боярским правительством встал вопрос об избрании нового царя. Был созван Земский собор, мнения на котором разделились. Патриарх Гермоген настаивал на возвращении престола Василию Шуйскому или, если это представлялось невозможным, на избрании на царство одного из русских бояр: либо князя Василия Васильевича Голицына, смоленского воеводу (ум. в 1619 г.), либо 15-летнего Михаила Фёдоровича Романова (сына митрополита Ростовского Филарета, насильно постриженного в монахи при Борисе Годунове). По инициативе патриарха в церквах совершаются молебны об избрании царя «от корени российского рода». Однако среди бояр возобладало иное мнение: избрать на русский престол польского королевича Владислава, сына Сигизмунда III. В условиях непрекращающейся внутренней войны такой кандидат казался боярам наиболее подходящим, поскольку, по мнению многих, мог примирить враждующие стороны. Более же всего бояр страшил Тушинский вор, стоявший в Коломенском и уже начавший жечь слободы и деревни у самого города. Вероятно, бояре рассуждали так, как обыкновенно рассуждают люди, оказавшиеся в подобных ситуациях. Поляки казались им меньшим злом, нежели тушинские воры. Но вся история русской Смуты начала XVII в. (да и последующие, не менее драматические события русской истории) доказала: сознательный выбор «меньшего», но всё-таки зла – всегда гибельный для государства. И патриарх Гермоген, пожалуй, единственный из всех деятелей тогдашней России, до конца осознавал это. Тем временем правительство вступило в переговоры с гетманом Жолкевским, стоявшим близ Москвы, и согласилось заключить с ним договор, по которому русский престол переходил бы к королевичу Владиславу. Патриарх был бессилен помешать исполнению этого плана, однако потребовал, чтобы непременным условием избрания Владислава было принятие им православия. Кроме того, патриарх настаивал, чтобы королевич крестился до прибытия в Москву, чтобы он женился на православной русской, чтобы он не сносился с папой Римским по делам веры, не принимал от него благословения и не допускал на Русь латинских учителей, чтобы была введена смертная казнь для тех из русских, кто вздумал бы перейти в католичество, чтобы на Руси не было ни костёлов, ни протестантских молельных домов, и чтобы православие по-прежнему оставалось господствующей религией. Жолкевский согласился на ряд условий (относительно почитания икон и святых мощей, охранения храмов и церковных имуществ и т.д.), но сумел уйти от главного вопроса – относительно принятия королевичем православия, отвечая боярам: «Даст-де король на царство сына своего Владислава, а о крещении-де пошлёте к королю послов челом бить». К тому времени бояре были согласны на всё, но когда они пришли за благословением к патриарху, святитель отвечал им с твёрдостью: «Если королевич крестится и перейдет в православную христианскую веру, то я вас на том благословляю. Если же не крестится, то будет оттого всему Московскому государству и всей православной вере погибель, и не будет на вас моего благословения» (слова патриарха оказались пророческими). Между тем, Москва присягала Владиславу, не дожидаясь от короля никаких гарантий. Вскоре под Смоленск, к королю Сигизмунду, было отправлено «великое» посольство для окончательного заключения договора.