По свидетельству Симона (Азарьина), Дионисий обратил внимание на хранившиеся в монастыре полузабытые к тому времени рукописи переводов и сочинений Максима Грека. Благодаря его хлопотам была приведена в порядок могила преподобного Максима у Свято-Духовской церкви. Уже к концу 1620 гг. имя учёного грека было окружено в монастыре особым пиететом: на него ссылались троицкие старцы во время споров о правке книг. В 1620 гг. была предпринята серьёзная работа по собиранию и переписке произведений Максима Грека, тогда было составлено Троицкое собрание его сочинений. Другое крупное начинание, предпринятое при участии Дионисия, связано с именем его учителя Германа (Тулупова). Приняв постриг в Троице-Сергиевом монастыре около 1626/1627 г., он «повелением и благословением» Дионисия в 1627–1632 гг. составил Четьи-Минеи, в которых большее место, чем обычно, заняли «Жития» русских святых. Кроме того, Герман составил сборник «Житий» русских святых и сборник, содержавший «Жития» преподобных Сергия и Никона Радонежских и службы им (в последней рукописи текст был правлен Дионисием). Его деятельность имела целью поднять неудовлетворительный уровень образованности насельников Троицкой обители, часть которых во главе с уставщиком Филаретом и головщиком Лонгином Коровой (авторитет последнего затронула правка Дионисия и его сотрудниками Устава, изданного в 1610 г. при участии Лонгина) сопротивлялась нововведениям и продолжала называть преподобного еретиком. Нападки на Дионисия во многом были следствием того, что преподобный неоднократно при личной беседе обличал тщеславие Лонгина и ложные воззрения Филарета (по свидетельству Иоанна Наседки, Филарет учил, что Бог Сын родился не «прежде век», а после Благовещения, кроме того, Филарет Бога «глаголаше... человекообразна суща и вся уды имеюща по человечу подобию»). Обосновывая свою правоту в части изменений в богослужении, Дионисий ссылался на древние уставы, в том числе «харатейные». Благодаря терпению и такту Дионисия, стремившегося не обострять разногласий, конфликты со временем прекратились. Симон (Азарьин) и Иоанн Наседка описывают его как человека, обладавшего совершенными смирением и незлобием, терпеливого к оскорблявшим его и радовавшегося страданиям. Дионисий был убеждён в важности иноческого подвига и добивался того, чтобы троицкие иноки были на высоте своего служения; провинившихся наказывал незамедлительно, но бывал скор к прощению. Дионисий был кроток по отношению к братии, действовал не приказом, но убеждением, о проступках с виновными беседовал наедине. Служил примером для братии в церковной молитве, первым являлся в храм к богослужению, побуждал братию молиться, имел дар слёзной молитвы. В келье, где Дионисий жил вместе с несколькими учениками, помимо правила святой упражнялся в псалмопении, клал многочисленные поклоны, ежедневно читал каноны праздникам.