Келарь, так же как и монастырские слуги, хотел поживиться за счёт монастыря, попытавшись обменять пустошь, принадлежавшую его родственнику, на якобы запустевшее, а в действительности находившееся в хорошем состоянии одно из владений обители. Близкие отношения с царской семьёй (Александр являлся восприемником царских детей в крещении) позволили келарю добиться одобрения сделки царём и патриархом, но Дионисий воспротивился её осуществлению. Тогда Александр обвинил Дионисия в том, что тот не выполняет царских повелений. Архимандрит был вызван в Москву, где «в скаредное место и тёмное ввержен бысть и ту три дня в смраде пребысть». Ему удалось оправдаться, но келарь подал новый донос, обвиняя Дионисия в желании стать патриархом. Дело дошло до того, что, когда на монастырском Соборе настоятель не согласился с мнением келаря, тот ударил Дионисия и запер в келье. Дионисий был освобождён по приказу посетившего монастырь царя. Преподобный не настаивал на наказании келаря и даже просил простить его, чем снискал расположение монарха (последующие доносы на Дионисия не имели успеха). В начале 1620 гг. и для троицкой братии, и для Дионисия важным делом было добиться подтверждения прав и привилегий монастыря во время предпринятого государственной властью пересмотра жалованных грамот. Цель эта, в основном, была достигнута. По жалованным грамотам, полученным монастырём 17 октября 1624 г. и 11 апреля 1625 г., монастырь сохранил и полноту судебно-административной власти над населением своих владений и право самому собирать налоги и вносить их в государственную казну. В соответствии с данными грамотами статус монастыря серьёзно изменился. Если раньше (как и другие обители) Троице-Сергиев монастырь был подчинён приказу Большого дворца, то по грамотам 1624 и 1625 гг. верховным судьёй для троицкой братии стал патриарх «или кому он, великий государь, повелит их судити». После этого судебные дела, касавшиеся монастыря, стали рассматривать либо лично Филарет, либо судьи Патриаршего разряда. При участии патриарха решались и некоторые важные вопросы внутренней жизни Троице-Сергиевой обители. Так, когда в Успенском Стромынском монастыре крестьяне начали держать корчмы, а монахи – пьянствовать (при этом и те, и другие не желали подчиняться троицким властям), патриарх не только положил конец конфликту, но и выдал в 1625 г. грамоту с перечнем мер, которые троицкие власти должны осуществить в приписном монастыре. Установление прямой судебной подведомственности Троице-Сергиева монастыря патриарху, расположенному к Дионисию, несомненно, способствовало тому, что имевшие место в монастыре в начале 1620 гг. конфликты не получили продолжения, и положение настоятеля упрочилось. С этого времени царь и патриарх стали делать вклады в монастырь: от серебряного потира и золотых цат с драгоценными камнями для иконы Святой Троицы, подаренных в 1626 г., до печатного напрестольного Евангелия с золотым окладом, украшенным драгоценными камнями, поступившего в обитель в 1632 г.; в апреле 1625 г. первосвятитель пожертвовал в обитель 100 руб.