С 1996 г. РГО издает ежеквартальный журнал «Здравый смысл» («журнал скептиков, оптимистов и гуманистов») при содействии Исследовательского центра и Совета по секулярному гуманизму (Амхерст, США), философского факультета МГУ, Российского философского общества, Общероссийского общественного движения «За здоровую Россию». В 2000 г. №15 журнала был полностью посвящен «новому российскому атеизму». РГО издало книги П. Курца «Запретный плод: Этика гуманизма» (М., 1993) и В.А. Кувакина «Твой рай и ад: Человечность и бесчеловечность человека» (СПб.; М., 1998). К концу 1990-х гг. деятельность сторонников «нового русского атеизма» начала приобретать политические формы. 12 апреля 2001 г. АТОМ провел пресс-конференцию под названием «Нет мракобесию в XXI веке», на которой была представлена декларация «В защиту свободы совести и светского государства». В этом документе «новые русские атеисты» выразили «глубокую тревогу по поводу нарастания в Российской Федерации проявлений клерикализма, в особенности со стороны РПЦ». Под текстом декларации подписались 150 человек: академики РАН В.Л. Гинзбург, В.Н. Страхов и Е.Л. Фейнберг, правозащитник С.А. Ковалёв, депутат Госдумы В. Семёнов, политологи и журналисты А. Бузгалин, Б. Кагарлицкий и др. Несмотря на активность (РГО, например, участвовало в ноябре 2001 в Гражданском форуме), постсоветское атеистическое движение еще не выработало единой идеологии и не приобрело силу общественно значимого движения, но уже стало общественно заметным явлением. Общим проектом российского постсоветского атеистического движения стал открывшийся в Москве 17 февраля 2001 г. общедоступный субботний лекторий «Академия свободомыслия», созданный усилиями АТОМ, Общества атеистов Подмосковья, Объединения исследователей религии, РГО и Молодежного университета современного социализма. Лекции читали известные исследователи атеизма и религиоведы (З.А. Тажуризина, Р.А. Лопаткин, В.А. Кувакин и др.) и молодые пропагандисты атеизма. В июне 2001 г. на «А-сайте» появился доработанный текст «Манифеста атеизма», в котором декларируется: «Атеизм является не «простым неверием в бога», а представляет собой мировоззрение, включающее в себя научные, моральные и социальные основания для отрицания существования бога и философию жизни без бога». В результате обсуждения «Манифеста» обнаружилось, что в современном атеистическом движении нет единого мнения по вопросу о том, является ли основой атеизма светский гуманизм (позиция «А-сайта» и РГО) или атеизм – более многообразное явление. Давно намечавшийся раскол оформился 10 ноября 2001 г., когда часть исполкома АТОМ не согласилась с исключением Борцова (Warrax) из членов организации, полагая, что атеистическое общество должно быть терпимо ко всем формам атеизма, в том числе – сатанистским, анархистским и большевистским. Дискуссии вокруг Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях» (1997 г.), а также по вопросам о социальной роли церкви, возможности светского теологического образования и т.п. продемонстрировали сложный процесс осмысления в постсоветском обществе таких понятий, как «свободомыслие», «свобода совести», «светский» (по отношению к государству и образованию), и обнаружили приверженность атеистическому мировоззрению многих современных отечественных религиоведов и правозащитников. Это объясняется тем, что после краха «научного атеизма» как государственной идеологии большинство кафедр «научного атеизма» перепрофилировались в кафедры религиоведения и истории религий. В 1993 г. был утвержден стандарт подготовки бакалавра по образовательному направлению «Религиоведение», в 1996 г. – по специальности «Религиоведение».