В первой половине 1998 г. в любительской электронной сети fido.net появились атеистические конференции «Ru.antichrist» и «Ru.anti-religion». Существуют атеистические сайты «просветительского» характера, например, библиотеки атеистической литературы «Философия и атеизм», раздел «Атеизм» в русско-израильском Интернет-каталоге «Ариадна» и т.п. Предпринимаются попытки наладить в Интернете диалог между верующими и атеистами, в частности, через дискуссионный клуб «Ареопаг», созданный инициативной группой христиан и атеистов. С 2001 г. дискуссии также еженедельно проходят в прямом эфире радиостанции «Центр» в передаче «О самом главном». Сайт «Научный атеизм» стремится придерживаться академических форм в дискуссии и в подаче материалов. Один из проектов сайта – электронный вариант (с июня 2001 г.) журнала Атеистического общества Москвы «Новый безбожник». Необольшевистский атеизм представлен, в частности, на сайте «Рабочая демократия» раздел «Безбожник» (форум «Богохульства воинствующих безбожников», «Безбожные новости», «Антирелигиозные анекдоты», «Антирелигиозные стихи Демьяна Бедного с иллюстрациями»). Значительная часть атеистических Интернет-проектов – экстремистской антицерковной и антихристианской направленности. Среди откровенно кощунственных сайтов – «Boga.net», «Bogu.Pisem.Net», «Поп-обозрение». Атеистическое Интернет-издание «Денница», организованное в Набережных Челнах, открыто исповедует сатанизм. Декларируемой целью сайта «Anti-Christian.web» является борьба с христианством. Один из последних атеистических Интернет-проектов – сайт «No cult», созданный в 2001 г., в качестве заслуживающей уважения ценности провозглашает «разум свободного человека» и настаивает на опровержении и порицании «религии, суеверий, обскурантизма». В 1999 г. Демьян Небедный (псевдоним автора «А-сайта») выступил с инициативой создания Российского движения атеистов, или Российского атеистического союза. В результате этой инициативы 18 мая 2000 г. было учреждено Московское движение атеистов, получившее позднее название Атеистическое общество Москвы (АТОМ). 1 июля того же года создано Общество атеистов Подмосковья, единственная в России зарегистрированная организация атеистов-антиклерикалов. 13 сентября 2000 г. учреждено общество атеистов Орловщины, 16 сентября 2000 г. – общество атеистов Нижегородской области, в марте 2001 г. – Уфимское общество атеистов. 16 декабря 2000 г. в Институте физики земли РАН прошла первая Антиклерикальная научно-практическая конференция «Наука, религия, атеизм», обратившаяся к Русской православной церкви с призывом «умерить свой реваншистский пыл». А 26 декабря в Институте развития прессы состоялась пресс-конференция по теме «Угроза клерикализма и нарушение прав неверующих в современной России», в которой участвовали члены исполкома АТОМ (Л. Левинсон, Н. Гудсков, А. Щев), заявившие об имеющем место в России массовом нарушении конституционных принципов светского государства, светского образования, светской государственной службы и т.д. Участники конференции констатировали, что наблюдаемый ими «реванш клерикальных сил» осуществляется «ради давно отживших ветхозаветных мифов и нелепых суеверий». Конференция продемонстрировала, что часть правозащитнического движения смыкается с постсоветским атеистическим. Одновременно в российском обществе в 1990-х гг. формировался атеизм в форме «секулярного (светского) гуманизма».