В 1990 гг. Русская церковь вновь начала окормлять военнослужащих. В 1995 г. для этих целей был создан синодальный Отдел Московского Патриархата по взаимодействию с Вооружёнными Силами и правоохранительными учреждениями. Возобновились сборы священников, окормляющих воинские части (проводились в 2003 и 2005 гг.). Сейчас в обществе идут дебаты относительно возрождения дореволюционного института военного духовенства, которые инициируются представителями Русской православнйо церкви Московского патриархата и поддерживаются отдельными военачальниками и военнослужащими. Но для этого нет правовых оснований, и отсутствует социальная база верующих. Позиция Министерства обороны Российской Федерации по данному вопросу основана на конституционных принципах светского государства. В настоящее время для работы с военнослужащими и сотрудниками правоохранительных органов епархиальными архиереями назначены 2 тыс. священников из числа епархиального духовенства. Несколько военнослужащих рукоположены в священнический сан, несмотря на то что христианская церковь в апостольских правилах Вселенских соборов запрещает священникам быть воинами. Ещё в XVIII в. для постоянного размещения воинских частей стали выделяться участки на окраинах городов. На этой земле возводились казармы, хозяйственные постройки, а также церкви. Одним из первых военных храмов стал Спасо-Преображенский всей гвардии собор в Санкт-Петербурге, заложенный 9 июля 1743 г. (архитектор Доменико Андреа Трезини, в 1829 г. после пожара вновь отстроен Василием Петровичем Стасовым). Впоследствии в столице были возведены собор всей артиллерии во имя преподобного Сергия Радонежского (освящён 5 июля 1800 г.), церковь Георгия Победоносца в здании Главного штаба на Дворцовой пл. (1 февраля 1822 г.) и др. Первоначально военные храмы не имели единой системы подчинения. 26 сентября 1826 г. последовал указ Синода, передавший их в военно-духовное ведомство. Храмы военного духовенства разделялись на постоянные и походные. Первые возводились при полках (или меньших воинских соединениях), гарнизонах, крепостях, военно-учебных заведениях, госпиталях, тюрьмах, военных кладбищах. Среди походных церквей выделялись сухопутные и судовые. Возведение храмов поручалось комиссии по постройке казарм при Военном совете. В 1891 г. насчитывалось 407 военных и морских храмов. В 1900 г. военный министр Алексей Николаевич Куропаткин (1848–1925 гг.) подал императору доклад с предложением выделить средства для постройки новых церквей при воинских частях, разработать тип военной церкви, ориентированный на большую вместимость и экономичность. Образец для военных храмов был утверждён 1 декабря 1901 г. Согласно ему, для церкви должно было строиться отдельное здание вместимостью 900 чел. для полкового храма или 400 чел. для батальонного. На нужды церковного строительства по военному ведомству в 1901 г. выделили 200 тыс. руб., в 1902 и 1903 гг. по 450 тыс. руб. Всего с 1901 по 1906 г. возвели 51 церковь. Одной из первых была заложена церковь 148-го пехотного Каспийского полка во имя великомученицы Анастасии Узорешительницы в Новом Петергофе (освящена 5 июня 1903 г.). В 1902–1913 гг. был возведён кронштадтский Морской собор во имя Николая Чудотворца – грандиозный храм-памятник российским морякам. Молебен о начале строительства отслужил 1 сентября 1902 г. протоиерей Иоанн Кронштадтский в присутствии главного командира кронштадтского порта вице-адмирала Степана Осиповича Макарова (1848–1904 гг.). В 1913 г. насчитывалось 603 военных храма, по морскому ведомству – 30 береговых церквей, 43 судовые церкви (в том числе при плавучей военной тюрьме в Севастополе). Каждая воинская часть и каждое военно-учебное заведение имели свой храмовый праздник и небесного покровителя. В военных церквах хранились боевые знамёна, оружие и доспехи прославленных военачальников, была увековечена память погибших в сражениях воинов. 15 июля 1854 г. в Севастополе по проекту Константина Андреевича Тона (1794–1881 гг.) был заложен Адмиралтейский собор во имя равноапостольного князя Владимира. Из-за начавшейся Крымской войны работы были прерваны, нижний храм освятили в 1881 г., верхний – в 1888 г. Собор является усыпальницей русских адмиралов Михаила Петровича Лазарева (1788–1851 гг.), Владимира Алексеевича Корнилова (1806–1854 гг.), Владимира Ивановича Истомина (1809–1855 гг.), Павла Степановича Нахимова (1802–1855 гг.).