До учреждения Святейшего Синода право определения иеромонахов для службы во флоте принадлежало Александро-Невскому монастырю и его настоятелю архимандриту Феодосию (Яновскому; впоследствии архиепископ Новгородский). В «Морском уставе», утверждённом 13 января 1720 г., определены права, обязанности и материальное положение флотского духовенства, во главе которого на время летней навигации или военного похода ставился «начальный священник» (обер-иеромонах), как правило, из Ревельской эскадры Балтийского флота. Первым обер-иеромонахом стал Гавриил (Бужинский; впоследствии епископ Рязанский). Отдельные священники назначались только на крупные суда – корабли и фрегаты. 15 марта 1721 г. была утверждена инструкция, регламентировавшая деятельность судовых священников («Пункты о иеромонахах, состоящих во флоте»). На основе «Пунктов» была разработана особая присяга для военного и морского духовенства, отличавшаяся от присяги приходских священников. Полковые священники и флотские иеромонахи были обязаны отправлять богослужения, совершать требы, напутствовать тяжелобольных, помогать врачам, а также «смотреть прилежно» за поведением войска, причём надзор за исповеданием и причащением военных составлял одну из главных обязанностей, но имелось твёрдое предупреждение: «Больше ни в какие дела не вступать, ниже что по воле и пристрастию своему затевать». В 1721 г. назначение священнослужителей в армию и во флот перешло в ведение Святейшего Синода, предписывавшего архиереям определять из своих епархий необходимое число иеромонахов для комплектования военного и морского духовенства (в мирное время оно подчинялось епархиальным архиереям). 7 мая 1722 г. Синод поставил во главе духовенства, отправлявшегося в Персидский поход, временным обер-иеромонахом архимандрита Лаврентия (Горку; впоследствии епископ Вятский). В инструкции Синода 13 июня 1797 г. в связи с увеличением объёма обязанностей полевых обер-священников им было предоставлено право избирать дивизионных благочинных для помощи в управлении духовенством в военное время. Обособление военного духовенства от епархиального и создание единой системы началось при императоре Павле I Петровиче (1796–1801 гг.). Указом от 4 апреля 1800 г. он объединил управление армейским и флотским духовенством под началом обер-священника армии и флота, должность которого стала постоянной (существовала и в военное, и в мирное время); обер-священник армии и флота входил в состав Святейшего Синода. После смерти Павла I круг прав и обязанностей обер-священника армии и флота несколько раз пересматривались. В 1806 г. его ведомство было поставлено в одинаковое положение с епархиальными управлениями. 27 января 1812 г. было принято «Учреждение для управления большой действующей армией». В состав чинов Главного штаба каждой армии вводилась должность полевого обер-священника, промежуточная между обер-священником армии и флота и старшим благочинным (должность введена в 1807 г.). Полевой обер-священник выполнял свои обязанности в мирное и военное время, в период ведения войны его ведомству подчинялось духовенство госпиталей, находившихся в областях, объявленных на военном положении, благочинные и священнослужители флота, соединённого с армией под управлением одного главнокомандующего, духовенство церквей в тех местах, где находилась главная квартира при движении армии. Полевые обер-священники обычно назначались Святейшим Синодом по представлению обер-священника армии и флота и императором. В каждой армии вводилась должность старшего благочинного – посредника между военным начальством, полевым обер-священником и духовенством армии. В 1812 г. для отдельных корпусов в составе штаба корпуса были учреждены должности корпусных священников (с 1821 г. корпусных благочинных), руководивших вверенным им духовенством на правах полевых обер-священников действующей армии. В подчинении старших благочинных и корпусных священников находились армейские (дивизионные), гвардейские и флотские благочинные. В 1815 г. императорским указом была учреждена должность обер-священника Главного штаба (с 1830 г. обер-священник Главного штаба и отдельного Гвардейского корпуса, с 1844 г. обер-священник Гвардейского и Гренадёрского корпусов), имевшая равные права с должностью обер-священника армии и флота. Синод высказался против разделения управления военным духовенством. Назначение на обе должности оставалось за императором, но обер-священника армии и флота он утверждал из кандидатов, выдвинутых Святейшим Синодом. Обер-священники Главного штаба, затем Гвардейского и Гренадёрского корпусов в 1826–1887 гг. также возглавляли придворное духовенство в сане протопресвитеров, являлись императорскими духовниками, настоятелями придворного собора Зимнего дворца в Санкт-Петербурге и Благовещенского собора в Московском Кремле. С 1853 г. обер-священники получили право назначать и увольнять полковых священников без предварительного разрешения Святейшего Синода.