Сохранялись должности дивизионных и флотских благочинных, назначаемых протопресвитером, в мирное время подчинявшихся местным архиереям. Протопресвитер назначал также полковых и флотских священников (из иеромонахов и вдовых иереев). В военное время назначались полевые главные священники в каждой армии. Военное духовенство по-прежнему подчинялось не только церковному, но и военному начальству, что в ряде случаев создавало сложности, т.к. правовые сферы не были чётко разграничены. После выхода «Положения» 1890 г. стало уделяться особое внимание благочинию в совершении богослужения и религиозно-нравственному воспитанию войска: проповедям, внебогослужебным беседам и религиозно-нравственным чтениям, преподаванию «Закона Божьего» в полковых учебных командах. Военные священники начали организовывать церковноприходские школы не только для солдат, но и для местного населения. В военное время им вменялось в обязанность помогать при перевязке раненых, совершать отпевание погибших и устраивать их погребение. Кроме того, как и другие священнослужители, они вели и хранили документацию: описи полковых церквей и их имущества, приходо-расходные книги, клировые ведомости, исповедные росписи, метрические книги и др., составляли отчёты о моральном состоянии войск. С 1890 г. издавался журнал «Вестник военного духовенства» (в 1911–1917 гг. «Вестник военного и морского духовенства», в 1917 г. «Церковно-общественная мысль» (Киев), в 2004 г. издание возобновилось). С 1889 г. проводились регулярные собрания военных пастырей, ревизионные поездки протопресвитера армии и флота по военным округам. С 1899 г. места священников в военном ведомстве предоставлялись преимущественно лицам с академическим образованием. В 1891 г. в ведомстве военного духовенства состояли 569 священно- и церковнослужителей (в 1885 г. – 500, в 1901 г. – 625, в 1915 г. – свыше 2 тыс., в 1917 г. – 5 тыс.). В армии и на флоте служили также католические капелланы, раввины, лютеранские и евангелические проповедники, муллы, подчинявшиеся Департаменту духовных дел иностранных исповеданий Министерства внутренних дел). К индифферентно настроенным к православной вере военнослужащим (особенно офицерам) военное духовенство относилось негативно, крайне отрицательным было отношение к сектантам, сомневающимся, неверующим и атеистам. Во время русско-японской войны 1904–1905 гг. вступило в действие положение «О полевом управлении войск русской армии в военное время» от 26 февраля 1890 г. В Маньчжурской армии был введён пост полевого главного священника – начальника всего духовенства в армии и настоятеля церкви главной квартиры. Война отмечена героическим служением как военных, так и морских священников, некоторые из них погибли. Среди священников этой войны знаменит Митрофан Сребрянский (впоследствии схиархимонах преподобноисповедик Сергий), служивший при 51-м драгунском Черниговском полку. Протоиерей Стефан Щербаковский во время Тюренчэнского боя 18 апреля 1904 г. вместе с 11-м Восточно-Сибирским полком дважды ходил в атаку с крестом в руках, был контужен, несмотря на тяжёлое состояние, напутствовал умиравших солдат (за проявленное мужество он был награждён орденом св. Георгия 4-й степени). 1 августа 1904 г., во время морского сражения в Корейском проливе, судовой священник крейсера «Рюрик» иеромонах Алексий (Оконешников) воодушевлял экипаж тонущего крейсера. Иеромонах Алексий вместе с оставшимися в живых моряками попал в плен, как духовное лицо был отпущен, вывез из плена знамя и доставил донесение о гибели крейсера (был награждён золотым напёрсным крестом на георгиевской ленте). Той же награды удостоились за Цусимское сражение 14 мая 1905 г. судовые священники иеромонах Порфирий (крейсер «Олег»), иеромонах Георгий (крейсер «Аврора»). После окончания войны были внесены изменения в положение «Об управлении церквами и духовенством военного и морского ведомств», в военное время вводились должности главного священника армий фронта, священников при штабах армий. В 1910 г. была учреждена похоронная касса служащих по ведомству военного духовенства. В том же году Синод принял мобилизационный план, который предусматривал призыв священнослужителей в период мобилизации армии по штатам военного времени и взамен убывших в ходе боевых действий. В армиях и на флотах должны были создаваться склады религиозной и пропагандистской литературы. 1–11 июля 1914 г. в Санкт-Петербурге проводился первый съезд военного и морского духовенства, на котором присутствовали 40 священников из войск и 9 из флотов. На заседаниях секций рассматривались, в частности, проблемы взаимоотношений с полковым начальством, поведение священнослужителей в условиях военных действий, во время боя место священника определялось на передовом перевязочном пункте. Съезд разработал и принял памятку-инструкцию военному священнику.