Своего апогея институт военного духовенства достиг во время Первой мировой войны. В ходе войны при Ставке верховного главнокомандующего была организована полевая канцелярия протопресвитера военного и морского духовенства и склад церковной литературы. Начало действовать мобилизационное расписание 1910 г., тысячи приходов были призваны к комплектованию духовенством новых полков. До войны в ведомстве протопресвитера состояли 730 иереев, во время войны в армии служили свыше 5 тыс. священников, которые не только выполняли свои прямые обязанности, но и обучали солдат грамоте, читали им письма от родных, помогали составлять ответные письма. В военных округах также служили капелланы, раввины, муллы. Однако институт военного духовенства не смог долгое время поддерживать высокий морально-боевой дух войск, успешно бороться с массовым дезертирством и революционными настроениями среди солдат. В циркуляре 3 ноября 1914 г. протопресвитер Георгий Шавельский обратился к православным священникам с призывом «избегать по возможности всяких религиозных споров и обличений иных вероисповеданий». В 1916 г. были учреждены новые должности: армейских проповедников при каждой армии, главных священников Балтийского и Черноморского флотов. В том же году в ведение протопресвитера военного и морского духовенства был передан вопрос об униатах в Галиции и на Буковине, занятых российскими войсками. Протопресвитер Георгий предпочитал идти навстречу духовным нуждам униатов и не требовать от них присоединения к православной церкви. Определением Синода 13–20 января 1916 г. была создана комиссия «по удовлетворению религиозно-нравственных нужд русских военнопленных», которая могла командировать священников в Австро-Венгрию и Германию. Во время войны несколько архиереев подали прошения занять священнические места в армии и во флоте. Первым из них стал Дмитровский епископ Трифон (Туркестанов), служивший в 1914–1916 гг. полковым священником и дивизионным благочинным. Таврический епископ Димитрий; впоследствии Антоний (Абашидзе) несколько месяцев в 1914 г. служил судовым священником на Черноморском флоте. Одним из первых в 1914 г. за проявленное мужество был награждён золотым напёрсным крестом на георгиевской ленте священник 58-го Пражского полка Парфений Холодный. В 1914 г. священник 294-го Черниговского пехотного полка Иоанн Соколов спас из плена полковое знамя. Исследователям известен подвиг священника 9-го драгунского Казанского полка Василия Спичека, поднявшего в атаку полк (был награждён орденом св. Георгия 4-й степени). Боевые награды имел игумен Нестор (Анисимов; впоследствии Кировоградский митрополит), который добровольно служил на фронте, организовал и возглавил санитарный отряд. За всю войну погибло и умерло от ран более 30 военных священников, получили ранения и контузии более 400, попали в плен более 100, что значительно превосходило потери в предыдущих войнах. Высокую оценку деятельности военного духовенства в Первую мировую войну дал в 1915 г. верховный главнокомандующий великий князь Николай Николаевич (Младший; 1856–1929 гг.): «Мы в ноги должны поклониться военному духовенству за его великолепную работу в армии». Однако влияние духовенства ослабевало в условиях, когда военные священники, представляя государственный аппарат, выполняли роль духовного начальства в армии, и особенно с приближением революции. Генерал Антон Иванович Деникин (1872–1947 гг.) писал о том, что «духовенству не удалось вызвать религиозного подъёма среди войск». После Февральской революции 1917 г. военное духовенство продолжало активно действовать. Второй Всероссийский съезд военного и морского духовенства, проходивший в Могилёве 1–11 июля 1917 г., приветствовал верховный главнокомандующий генерал Алексей Алексеевич Брусилов (1853–1926 гг.). В духе времени на съезде была учреждена выборность всех военно-духовных должностей (в результате тайного голосования 9 июля протопресвитер Г. Шавельский сохранил свой пост). 16 января 1918 г. институт военного духовенства был упразднён приказом № 39 Народного комиссариата по военным делам (военные священники остались лишь в Белой армии). 27 ноября 1918 г. А.И. Деникин назначил протопресвитером Добровольческой армии и флота Г. Шавельского. В войсках адмирала Александра Васильевича Колчака (1874–1920 гг.) было более 1 тыс. военных священников, у генерала Петра Николаевича Врангеля (1878–1928 гг.) – более 500. 31 марта 1920 г. Севастопольский епископ Вениамин (Федченков) по просьбе П.Н. Врангеля принял должность управляющего военного и морского духовенства с титулом епископа армии и флота. Он представлял церковь в правительстве Врангеля, выезжал на фронт для совершения богослужений, обеспечивал приём и размещение священнослужителей-беженцев. После захвата Крыма Красной Армией в ноябре 1920 г. епископ Вениамин вместе с частями Добровольческой армии эмигрировал в Стамбул и продолжал опекать русское военное духовенство в Турции, Болгарии, Греции, Королевстве сербов, хорватов и словенцев (3 июня 1923 г. решением зарубежного Архиерейского Синода был освобожден от обязанностей управляющего).