С 1858 г. обер-священники именовались главными священниками. Первым обер-священником армии и флота стал протоиерей Павел Озерецковский (1800–1807 гг.), пользовавшийся при императоре Павле I большим влиянием и относительной независимостью от Синода. 9 мая 1800 г. всем воинским чинам было предписано относиться по духовным делам к обер-священнику, минуя консистории, для чего была образована канцелярия. В 1800 г. создали армейскую семинарию, в которой дети армейского духовенства учились за казённый счёт (закрыта в 1819 г.). В первой половине XIX в. повышалось жалованье военного духовенства, были введены пенсии и пособия престарелым и больным военным священникам, их вдовам и детям. Среди обер-священников Гвардейского и Гренадёрского корпусов выделяется протопресвитер Василий Бажанов (1849–1883 гг.), который положил начало созданию библиотек при храмах своего ведомства, снабжал их книгами. В Санкт-Петербурге он устроил Николаевскую богадельню для престарелых священнослужителей духовного ведомства, а также для их вдов и сирот. По его распоряжению были построены дома для причтов в ряде полков, организованы приходские благотворительные общества и братства при некоторых храмах. В 1879 г. было учреждено Благотворительное общество попечения о бедных духовного звания ведомства главного священника армии и флота; его взяла под своё покровительство великая княгиня Мария Фёдоровна (впоследствии императрица). На средства общества содержались приюты (Мариинский в Кронштадте и Покровский в Санкт-Петербурге). Исследователям известны многие примеры мужества, проявленного священнослужителями во время Отечественной войны 1812 г. Первым среди духовенства кавалером ордена св. Георгия 4-й степени стал священник 19-го Егерского полка Василий Васильковский, участвовавший в битвах под Витебском, при Бородине, под Малоярославцем, был несколько раз ранен, но оставался в строю. Священник Московского гренадёрского полка протоиерей Мирон Орлеанский в Бородинском сражении шёл под шквальным пушечным огнём впереди гренадёрской колонны, был ранен. В XIX в. духовенство участвовало в Кавказских войнах. В 1816 г. была введена должность корпусного священника отдельного Грузинского корпуса (с 1840 г. обер-священник отдельного Кавказского корпуса, с 1858 г. главный священник Кавказской армии); в 1890 г. должность упразднена. Известен ряд героических поступков полевых священников в ходе Крымской войны 1853–1856 гг. Особое мужество на поле боя проявил в марте 1854 г. священник Могилёвского полка протоиерей Иоанн Пятибоков, поднявший солдат в атаку после гибели офицеров (он в числе первых взошёл на стены турецкого укрепления и был контужен; протоиерей Иоанн был награждён орденом св. Георгия 4-й степени и пожалован дворянством грамотой). Государство заботилось о материальном обеспечении священников во время войны, а после её окончания – о назначении пособий за понесённые убытки, о выдаче установленных окладов пенсий по сокращённому сроку и наград за службу в действующей армии. В конце XIX в. начался период расцвета института военного духовенства. В 1888 г. всё военное и морское духовенство было подчинено главному священнику гвардии, гренадёр, армии и флота. 24 июля 1887 г. было утверждено положение о новых служебных правах и окладах содержания военного духовенства, с 1889 г. действие положения распространялось и на морское духовенство. Согласно положению, главному священнику гвардии, гренадёр, армии и флота предоставлялись права генерал-лейтенанта, главному священнику Кавказского военного округа – права генерал-майора, штатному протоиерею-благочинному – права полковника, нештатному протоиерею и священнику-благочинному – права подполковника, священнику – права капитана или ротного командира, диакону – права поручика, штатному псаломщику из духовного звания – права подпрапорщика. Вместо существовавших раньше разнородных (очень скромных) окладов было установлено жалованье, соответствующее офицерским чинам. Священнослужителям военного ведомства европейских округов было предоставлено право периодических прибавок к жалованью за выслугу лет (при этом священникам запрещалось взимать плату за требы с солдат, что практиковалось раньше). 12 июня 1890 г. вышло Положение «Об управлении церквами и духовенством военного и морского ведомств», в соответствии с которым вместо должности главного священника гвардии, гренадёр, армии и флота учреждалась должность протопресвитера военного и морского духовенства. Его кандидатура избиралась Синодом по представлению военного министра и утверждалась императором. По делам церковного управления протопресвитер получал указания от Синода, по делам военного ведомства – от военного министра. Он имел право на личные доклады императору, по рангу приравнивался к архиепископу и генерал-лейтенанту. При протопресвитере действовало духовное правление, состоявшее из присутствия и канцелярии и соответствовавшее консистории при епархиальном архиерее.