В XVII в. в Италии и Германии мотеты Дж. П. Палестрины и О. ди Лассо служили классическими образцами, такое восприятие этих музыкальных произведений способствовало распространению представлений о консерватизме мотета. Более современные публикации духовной музыки в сквозной текстово-музыкальной форме, как правило, включали инструментальные партии (как минимум партию континуо) и часто именовались концертами (concerto). Для сочинений с участием инструментов применялось также обозначение «motteti concertati» (например, в трактате И.К. Ланге «Новый и ясный метод в музыкальном искусстве», 1688 г.). Томас Морли (1597 г.) определил мотет в собственном смысле этого слова как песнопение, сочинённое для церкви, и характеризовал подобные произведения как серьёзные и сдержанные. Михаэль Преториус (1619 г.) отметил, что композиторы создают мотеты в манере О. ди Лассо, а концерты – в мадригальном роде (что подразумевает, очевидно, бо́льшую свободу музыкальной выразительности); также он противопоставил мотеты многохорным концертам как произведения более изобретательные и искусные в полифоническом отношении, с количеством голосов не больше восьми. Анастасиус Кирхер (1650 г.) в исторически первой классификации стилей музыки противопоставил мотетный стиль (stylus motecticus) строгому церковному, основанному на григорианском «cantus firmus»: в мотетах фундаментом композиции служит бас, а в качестве текста, определяющего аффект сочинения, избираются фрагменты Священного Писания или гимны о житиях святых. Окончательно представление о мотете как жанре старинной церковной музыки на латинском языке (возвышенной, величественной, интеллектуальной) утверждается в музыкальной теории XVIII – начала XIX вв. Даже такие последовательные сторонники новизны в искусстве, как Иоганн Маттезон (1739 г.), признавали, что мотеты О. ди Лассо полезны для изучения контрапункта как одной из основ музыкального письма. Исследователи отмечают, что из-за многообразия жанровой терминологии в церковной и духовной музыке барокко выделить собственно мотетные собрания оказывается затруднительно. Как правило, композиторы использовали обозначение «мотет» в силу некоторых терминологических традиций, существенно различавшихся в разных областях и странах Европы. Так, в Италии в XVIII в. мотетами называли сольные кантаты на сочинённые современными поэтами латинские тексты. Форма подобных произведений, исполнявшихся обычно на возношение Святых Даров, представляла собой чередование арий и речитативов с заключительным виртуозным разделом «Аллилуия». Среди авторов – Антонио Кальдара, Антонио Лучио Вивальди, Георг Фридрих Гендель, Никола Порпора, Бальдассаре Галуппи, Вольфганг Амадей Моцарт; по модели итальянского сольного мотета написана Кантата №51 «Jauchzet Gott in allen Landen» («Хвалите Бога по всей земле») Иоганна Себастьяна Баха. Во Франции мотетами именовались пьесы, аналогичные итальянским концертам и английским антемам, состоящие из ряда контрастных сольных и хоровых разделов с участием инструментов, исполняющих самостоятельные партии. Большие мотеты (grands motets), в том числе двухорные (motets pour deux choeurs), изначально создавались для королевского богослужения в Версале; основным источником их текстов были латинские псалмы.