Церковь представляла собой трёхнефную базилику с криптой (30×18 м). Её алтарная часть завершалась апсидой и двумя пастофориями (традиционный сирийский тип планировки алтарной части). Алтарная часть храма была устроена так, что из двух боковых комнат-пастофориев в нижнюю крипту вели два лестничных пролёта, которые должны были обеспечивать свободный проход паломникам. Таким образом, скорее всего, как полагают исследователи, пастофории здесь утратили свои обычные функции жертвенника и диаконника и служили просто для прохода. Согласно мозаичной надписи, крипта была посвящена некоему святому Илиану. Какая именно святыня в ней находилась, исследователям неизвестно. Исследователи отмечают, что храмов с криптами в Сиро-палестинском регионе сравнительно немного, и такая особенность указывает на высокий статус постройки. План крипты простой: поперечно вытянутая комната с небольшой апсидой, перекрытие сводчатое. Помещение крипты освещается через окошко в апсиде. По боковым сторонам апсиды расположены две ниши. Пол апсиды украшен мозаикой с изображениями древа жизни и двух антилоп по сторонам от него. Пол основной комнаты украшен орнаментами в виде замысловатых плетёнок и надписями в медальонах. Церковь святых Мучеников (эль-Хадир) находилась в северо-восточном квартале Мадабы, рядом с кардо, западнее церкви пророка Илии (ныне включена в археологический музей). Строение на этом месте было известно уже путешественникам XIX в., но как церковь её идентифицировал Дж. Манфреди; исследовалась в 1960–1990 гг. Иерусалимским немецким евангелическим институтом и Францисканским археологическим институтом. Это также трёхнефная базилика (32,15×16,1 м) с алтарной апсидой и двумя пастофориями, построенная, как полагают исследователи, во второй половине VI – начале VII вв. Внутри апсиды расположен синтрон; базы, колонны, капители, ступени синтрона являются римскими сполиями. Мозаичный декор пола главного нефа, несмотря на повреждения, представляет большой интерес для исследователей: в медальонах, сплетённых из виноградных ветвей, помещены изображения сцен охоты. Неповреждёнными остались изображения масок в углах мозаики, а также фигуры оленя и воина. На голове воина фригийский колпак, он держит щит с изображением равноконечного креста. По остаткам других изображений исследователи определяют, что в медальонах помещались фигуры различных животных, по большей части экзотических: слонов, зебр, медведей, верблюдов, львов, леопардов. Церковь святых Апостолов находилась на южной окраине Мадабы. Согласно найденным надписям, построена в 578/579 г. и посвящена апостолам. Была открыта в 1902 г. Дж. Манфреди. Систематические раскопки начались в 1967 г. Церковь имела обычный план трёхнефной базилики с апсидой и двумя пастофориями (23,5×15,3 м). Особенностью её плана была большая глубина апсиды, которая увеличивала её внутреннюю площадь. В настоящее время восточная часть церкви полностью утрачена, однако сохранились остатки алтарной преграды и амвона.