В центре сохранившегося фрагмента расположен Иерусалим, наиболее крупный из объектов. Несколько изображённых в городе церквей отождествляют с теми, что известны исследователям по археологическим данным или по упоминаниям паломников той эпохи. В южной части Мадабы исследователи идентифицировали крупную постройку («Кафедрал»), которая на основании её размеров предположительно была определена как кафедральная городская церковь. Раскопки храма проводились в 1968, 1973 и 1979–1981 гг. Первое известное христианское строение этого комплекса – небольшой баптистерий, поставленный, как полагают исследователи, на месте набатейского мавзолея при епископе Кире (начало VI в.), открытый под основанием более позднего баптистерия. В 1968 г. поблизости был обнаружен порог центрального дверного проёма большой базилики, и исследователям стало ясно, что баптистерий был частью крупного церковного комплекса. Рядом с порогом была найдена мозаика с изображениями морских чудовищ и рамы из аканфовых медальонов с включёнными в них лицами неких мифологических существ. В 1973 г. была раскрыта восточная часть главного нефа церкви, которая также была украшена мозаикой с изображениями агнца и птицы в виноградных лозах. Основные части постройки сформировались во второй половине VI в.: она представляла собой трёхнефную базилику с апсидой и двумя пастофориями, с нартексом и атриумом с западной стороны (общие размеры 40×25 м). Согласно одной из посвятительных надписей, в 562 г., при епископе Иоанне, к базилике с юго-запада был сооружён придел мученика Феодора. Согласно другой надписи, при епископе Сергии, в 575/576 г. к северу от придела мученика Феодора был пристроен открытый двор над подземной арочной цистерной; пол двора покрыт простой белой мозаикой. Различные перестройки и доделки продолжались до середины VII в.; одна из реконструкций была проведена в 603 г. при участии епископа Леонтия. Весь комплекс был особенным образом ориентирован на проведение таинства крещения. На это указывает необычная ориентация придела мученика Феодора на запад. В посвятительных надписях цитируются библейские строки, в которых упоминается об освящении воды (Пс. 77:10; 2 Цар. 2:21). Среди мозаичных изображений важное место занимают четыре райские реки, которые начинаются от углов зала: Гихон, Фисон, Евфрат и Тигр. Значительная часть мозаичных изображений пострадала, как полагают исследователи, в VIII в. Церковь Пресвятой Девы Марии и «зал Ипполита» расположена на северной стороне кардо, главной улицы Мадабы, и ныне составляет часть археологического музея. Она была одним из первых христианских памятников Мадабы, обнаруженных в 1887 г.; была раскопана в течение сезонов 1973–1974, 1979–1985, 1991–1992 гг. В структуру этой церкви было включено здание II–III вв. в форме ротонды, расположенное на высокой платформе; предположительно святилище. В первой половине VI в. к этому зданию был пристроен прямоугольный в плане зал (7,3×9,5 м).