В 1955 г. в Мадабе произошли беспорядки, вызванные массовыми нападениями исламистов на христиан. Столкновения начались со спора между таксистами двух разных вероисповеданий, который был использован как повод движением «Братьев-мусульман». Погромы продолжались пять дней (число жертв исследователей неизвестно) и были прекращены после ввода в город иорданских войск. Известные исследователям епископы Мадабы: Гайан I (451–458 гг.), Гайан II (после 458 г.), Фида (начало VI в.), Кир (начало VI в.), Илия (531–534 гг.), Иоанн (562 г.), Сергий I (575–596 гг.), Леонтий (603–608 гг.), Феодосий (VI–VII вв.), Сергий II (VII в.), Иов (VII в.), Феофан (конец VII – первая половина VIII в.). Немецкий путешественник Ульрих Яспер Зеетцен (1767–1811 гг.) посетил руины Мадабы в 1807 г. и отметил здесь лишь две стоявшие колонны с перемычкой и большой бассейн, которые также видели Иоганн Людвиг Буркхард в 1812 г. и вслед за ним ещё несколько других исследователей. В августе 1868 г. в Дибане священник Ф.А. Клайн открыл стелу моавитского царя Меши. В 1872 г. экспедиция Генри Бейкера Тристрама сделала первое подробное описание главной улицы с колоннадой и части памятников, в том числе церкви с мозаиками. В октябре 1881 г. учёные из Британского палестинского исследовательского общества приступили к регулярным работам на территории Мадабы. В 1887 г. латинские миссионеры отослали в Иерусалим первые переводы многочисленных надписей, обнаруженных на мозаичном полу церкви Пресвятой Девы Марии. В 1890 гг. Готлиб Шумахер останавливался в доме местного священника и впервые зарисовал общий план руин. В 1892 г. П.М. Сежурне опубликовал предварительный отчёт об открытиях археологов в Мадабе в первом номере журнала «Revue Biblique». Наиболее значительная находка (Мадабская карта) была обнаружена в декабре 1896 г. диаконом Клеопой Кикилидисом и опубликована в 1897 г. Открытие привлекло к Мадабе международный интерес. Мозаики в церкви пророка Илии были найдены в 1897 г. С этого времени Мадаба приобрела репутацию «города мозаик». Первые исследования провели доминиканцы из французской Школы библеистики и археологии в Иерусалиме: П.М. Сежурне, Мари Жозеф Лагранж, Луи Юг Венсан, Феликс-Мари Абель, Р. Савиньяк, Ж. Жермер-Дюран. С началом раскопок на горе Нево в июле 1933 г. археологи из Францисканского библейского института также обратили внимание на Мадабу; к изучению мозаик приступили Беллармино Багатти и С. Саллер. В 1965 г. немецкая миссия под руководством Г. Доннера провела реставрацию Мадабской карты. В 1966 г. археолог У. Лукс из Немецкого евангелического института раскрыла церковь эль-Хадир, а в 1967 г. – церковь святых Апостолов. После 1968 г. раскопки велись иорданским Министерством древностей в «кафедрале» и в церкви Салайта. С 1979 г. священник Мадабы Пиччирилло (Францисканский библейский институт) в сотрудничестве с Министерством древностей работал несколько археологических сезонов в церкви Девы Марии и в «зале Ипполита», в «кафедрале» и в так называемом сожжённом дворце, расположенном вдоль улицы. Древний город Мадаба был построен на естественном возвышении Трансиорданского плато, уровень которого постепенно понижается по направлению к западу, югу и юго-востоку.