По мнению Владимира Андреевича Кучкина, именно Мстислав Владимирович, а не его сын Изяслав (Пантелеимон) Мстиславич мог основать новгородский во имя великомученика Пантелеимона мужской монастырь; во всяком случае, для исследователей одно несомненно: родившийся в конце XI – начале XII вв. второй сын Мстислава Владимировича Изяслав был крещён в честь великомученика Пантелеимона. В 1102 г. новгородцы решительно отказались принять к себе на княжение вместо Мстислава Владимировича сына Киевского князя Святополка (Михаила) Изяславича Ярослава. В правление Мстислава Владимировича в Новгороде всё большее развитие получает институт выборных посадников, который стал ограничивать полномочия представителей княжеской власти. Исследователи полагают, что именно тогда княжеская резиденция была перенесена с Ярославова дворища (на Торговой стороне Новгорода, напротив Детинца и кафедрального Софийского собора) на Городище под Новгородом. В 1103 г. по приказу и на средства Мстислава Владимировича на Городище построили каменную церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Для нового храма по заказу Мстислава Владимировича было создано роскошное пергаменное «Мстиславово Евангелие» (до 1117 г.) – одна из старейших сохранившихся древнерусских рукописей. Помимо него, согласно Житию Мстислава Владимировича, он пожаловал Благовещенской церкви много золота, серебра, драгоценных камней и бисера, которые должны были использоваться для украшения окладов икон. В 1107 и 1111 гг. Мстислав Владимирович участвовал в победоносных походах против половцев, организованных Владимиром Мономахом, который хотел раз и навсегда избавить южнорусские земли от военной угрозы со стороны кочевников. Кроме того, в 1111 г. войска Мстислава Владимировича совершили поход на расположенное к юго-западу от Пскова леттское племя очелу, в 1113 и 1116 гг. – на чудь (в район города Оденпе, современный Отепя, Эстония). Следствием этого стало укрепление авторитета Мстислава Владимировича на Руси, в том числе в Новгороде. В 1113 г. он закладывает на Ярославовом дворище княжеский каменный храм во имя Николая Чудотворца (Николо-Дворищенский собор), впоследствии украшенный оригинальными фресками. Согласно Алексею Алексеевичу Гиппиусу, около 1115 г. по инициативе Мстислава Владимировича в Новгороде был создан летописный свод, соединивший тексты киевских и новгородских летописцев. В 1116 г. Мстислав Владимирович занялся строительством и расширением системы городских укреплений разросшегося Новгорода («заложи Новъгород болии пьрваго»), а также каменной крепости в Ладоге («Новгородская Первая Летопись»). Исследователи полагают, что часть средств на это была взята из военных трофеев, которые новгородцам и княжеской дружине удалось получить в землях данников. В 1117 г. Киевский князь Владимир Мономах перевёл Мстислава Владимировича из Новгорода в Белгород на реку Ирпень. Вместо себя Мстислав Владимирович оставил на новгородском княжении старшего сына благоверного князя Всеволода (Гавриила) Мстиславича. Эти перестановки во власти показывают намерение правителя Киева вовлечь Мстислава Владимировича в решение внешне- и внутриполитических южнорусских проблем.