Храм был построен по проекту архитектора Александра Алексеевича Никифорова, а мраморный иконостас выполнен в русско-византийском стиле по эскизу архитектора Дмитрия Николаевича Чичагова. Новый храм расписали живописцы Троице-Сергиевой лавры, многие иконы написали монахини монастыря. Боковой придел храма освятили 22 августа 1891 г. в честь Казанской иконы Божьей Матери, особенно почитаемой настоятельницей, т.к. 22 октября, в день празднования иконы, монахиня Антония была возведена в сан игуменьи. Здесь была помещена одна из святынь обители – икона Божьей Матери «Целительница». Все иконы, поднесённые игуменье Антонии на юбилей её служения в сане игуменьи в 1886 г., были пожертвованы во Всехсвятский храм. Нижний, подвальный этаж этого храма занимала усыпальница. В 1894 г. игуменья Антония подала прошение митрополиту Сергия (Ляпидевскому) о разрешении погребать в этой усыпальнице преимущественно лиц духовного и монашеского звания (Центральный государственный архив Москвы). Одновременно с постройкой храма было начато строительство рядом с ним двухэтажного каменного келейного корпуса (Центральный исторический архив Москвы). В память об избавлении императора Александра III и его семьи от смертельной опасности во время железнодорожной катастрофы 17 октября 1888 г. в Московском Алексиевском монастыре было устроено училище с курсом начальной церковноприходской школы на 17 девочек-сирот и дочерей беднейших членов духовенства Московской епархии. С 1892 г. в училище стали принимать круглых сирот из приютов Елизаветинского благотворительного общества, находившегося под покровительством великой княгини Елизаветы Фёдоровны. По проекту А.А. Никифорова к югу от Всехсвятской церкви был выстроен каменный двухэтажный корпус для училища (Центральный государственный архив Москвы). 27 августа 1889 г. состоялось торжественное открытие и освящение монастырского приюта, который разместился в верхнем этаже нового здания (Центральный государственный архив Москвы). Лучшие ученицы переводились в Филаретовское и Мариинское епархиальные училища, где содержались за счёт монастыря. Так, в 1891/1892 учебном году в Филаретовском училище было шесть пансионерок монастыря и две пансионерки игуменьи Антонии. С 1884 г. в память исполнившегося совершеннолетия наследника, царевича Николая Александровича (впоследствии император Николай II), игуменья Антония ежегодно вносила в Московское епархиальное Филаретовское училище 1 тыс. руб. из монастырской казны на воспитание «бедных девиц духовного звания». В 1896 г. игуменья Антония получила разрешение вносить ежегодно ещё 600 руб. в Мариинское епархиальное училище. В конце 1896 г. в связи с ростом числа сестёр игуменья Антония подала прошение о постройке ещё одного двухэтажного келейного корпуса к северу от храма Всех святых, симметрично монастырскому училищу (Центральный государственный архив Москвы). Игуменья Антония входила в число членов Московского дамского комитета Общины сестёр милосердия. Комитет принадлежал к ведомству Общества попечения о раненых и больных воинах, находившегося под Высочайшим покровительством императрицы Марии Александровны (в 1879 г. оно было переименовано в Российское общество Красного Креста).