В 1744 г. за Московским Алексиевским монастырём числились 1586 крестьян («Чтения в Императорском Обществе Истории и Древностей Российских при Московском университете». 1860 г. часть 3). К 1764 г. в обители проживали четыре священника, два диакона, 96 монахинь, а также 12 отставных убер- и унтер-офицеров и солдат. В 1764 г. Московский Алексиевский монастырь был отнесён ко второму классу необщежительных монастырей, в нём должно было быть не больше 17 монахинь. Перед 1764 г. в обители помимо собора с трапезной и колокольней находились построенные в 1713–1714 гг. каменные кельи, девять каменных флигелей и один деревянный, три каменные сторожки, каменная ограда с двумя башнями и тремя воротами (Российский государственный архив древних актов). В 1779 г. вновь сообщается о починке ветхих зданий в монастыре (Центральный государственный исторический архив Москвы). В 1812 г., перед вступлением французских войск в Москву, игуменья Анфия (Козловская) удалилась «неизвестно куда», большинство сестёр также покинули обитель. Московский Алексиевский монастырь был сожжён, не пострадал только собор, в котором насельницы запирались, молились и окропляли стены святой водой; четыре послушницы угорели, одна была избита солдатами. Ценности, закопанные в землю и спрятанные под лавками, не пострадали. В восстановлении Московского Алексиевского монастыря после 1812 г. принимал участие викарий Московской епархии епископ Августин (Виноградский), чьё мирское имя было Алексей («Чтения в Императорском Обществе Истории и Древностей Российских при Московском университете». 1860 г. часть 3). Согласно планам начала XIX в., Московский Алексиевский монастырь занимал около 13–14 га. Территория обители была трапециевидной в плане, вытянутой параллельно реке, полого понижалась с запада на восток; западнее монастыря обрыв оврага ручья Черторый был очень крутым, почти отвесным. На профилях 1806–1808 гг. Фёдора Кирилловича Соколова монастырь находился за невысокой каменной стеной. Кельи, судя по плану 1817 г., окружали собор с четырёх сторон, но на западной и северной сторонах они были спланированы достаточно сложно, имели внутренние дворы и проходы. В сплошную линию келий с южной стороны между 1810 и 1830 гг. были встроены Водяные ворота с высоким псевдоготическим щипцом и пинаклями, представленные на картине Карла Ивановича Рабуса 1838 г. Именным указом императора Николая I от 10 апреля 1832 г. было объявлено решение о строительстве на месте Московского Алексиевского монастыря храма Христа Спасителя. Поиском места для переноса обители ведал митрополит Московский и Коломенский Филарет (Дроздов). В 1832–1837 гг. предлагалось два места для перевода монастыря: Бородинское поле и Измайловский остров в Москве. От первого отказались почти сразу, после отзыва вдовы генерал-майора Александра Алексеевича Тучкова, а переписка относительно Измайловского острова затянулась на пять лет: в числе прочего принимались во внимание ценность памятников царского дворца в Измайлове и тот факт, что они принадлежали дворцовому ведомству, а не монастырю.