По мнению исследователей, в тот период каменные здания обители были обновлены и перестроены после пожара 1685 г. Исследователи полагают, что к первой половине 1690 гг. относятся появление придела в честь Тихвинской иконы Божьей Матери и перенос двух приделов в трапезную, а также перестройка колокольни: карниз-«пила» (так же как и круглые слуховые окна в гранях её шатра) исследователи считают характерными для конца XVII – первой половины XVIII вв. В 1763 г. под колокольней располагались ризница и кладовая палата (Российский государственный архив древних актов). По мнению исследователей, тогда же в Преображенском соборе появились деревянные резные хоры-балконы на западной стене. После раскрытия заговора Г. Соковнина–М. Пушкина (1697 г.) и насильственного пострижения в монахини матери царевича Алексея царицы Евдокии Фёдоровны Лопухиной (1698 г.) царское внимание к Московскому Алексиевскому монастырю ослабевает. В 1731 г., после смерти Евдокии Лопухиной, старицам монастыря были выданы деньги «на помин её души» («Чтения в Императорском Обществе Истории и Древностей Российских при Московском университете». 1860 г. часть 3). Следующий период строительства в Московском Алексиевском монастыре связан с монахиней Александрой (в миру Акилина Прозоровская, дочь князя Ивана Семёновича Прозоровского). Согласно описи, составленной после пожара 1712 г., в 30 деревянных кельях проживали 187 стариц, включая игуменью; за обветшавшей каменной оградой находились недостроенные каменные сени при двух игуменских кельях, казначейская келья и две каменные кельи на подклетах, построенные монахиней Александрой. В мае 1713 г. монастырь сгорел (Российский государственный архив древних актов). По указу Сената в 1713–1714 гг., при настоятельнице (1713–1715 гг.) игуменье Олимпиаде (Каховской), были построены 37 каменных келий. В 1712 г. для строительства было приказано использовать кирпич, оставшийся от сооружения Арсенала в Московском Кремле, в 1713 г. упоминается о том, что для производства 500 тыс. кирпичей, предназначавшихся для строительства келий в Новинском монастыре на Хорошевской дороге, были устроены кирпичеобжигательные печи. Строительством занимался подрядчик Пётр Осипов, разрешения выдавал родной брат монахини Александры князь Пётр Иванович Прозоровский. Несмотря на то, что игуменья в 1713 г. просила «пригородить» монастырь к стене Белого города, уничтожив глухой проход шириной 20–24 м между обителью и городской стеной, эта просьба не была, по-видимому, выполнена; на плане Ивана Фёдоровича Мичурина 1739 г. Московский Алексиевский монастырь не примыкает к городской стене. В 1718 г. была починена кровля паперти монастырского собора и заложены два окна собора, «что к паперти» (по мнению исследователей, выходившие на северную галерею). Монастырь пострадал во время пожаров 1737 и 1748 гг. (Российский государственный архив древних актов): сгорели кровли, кельи, две конюшни и несколько дворов на монастырской земле. В 1752 г. на заводе Данилы Тулякова из старого монастырского колокола был отлит новый с прибавлением 38 пудов – вклад игуменьи Ольги (Дубенской). В 1755 и 1768 гг. были заменены иконостасы приделов и собора Преображения Господня (Центральный государственный исторический архив Москвы).