В том же году могла появиться и шатровая колокольня, но ряд признаков (круглые окна в гранях шатра, карниз-пила на четверике колокольни) указывают на вероятность её перестройки (или строительства) в конце XVII в. Из ранних вкладов царя Михаила Фёдоровича исследователям известны: золотое кадило, пожертвованное в 1631 г.; лампада, вложенная в 1630 гг.; напрестольный крест с мощами, подаренный «в придел к Алексию» в 1638 г. Предположительно вкладом царя Михаила Фёдоровича было печатное Евангелие (1627 г.), вкладом царя Алексея Михайловича – серебряный ковш. Священник Никита (впоследствии Патриарх Московский и всея Руси Никон) в 1635 г. уговорил свою жену постричься в Московском Алексиевском монастыре, «дал за ней» вклад, а сам удалился в Анзерский Елеазаров во имя Святой Троицы мужско скит. По монастырскому преданию, жена священника Никиты, живя в монастыре белицей, собиралась выйти вторично замуж, но по молитвам будущего патриарха Никона, подвизавшегося в скиту, приняла постриг. В начале XIX в. её надгробной плитой в монастыре считали плиту в стене алтаря с надписью «схимонахиня Таисия». Во время эпидемии чумы («морового поветрия») 1654 г., после виде́ния заболевшей инокине в Московском Алексиевском монастыре, в шкафу для хранения книг была обретена чудотворная Грузинская икона Божьей Матери. Когда образ внесли в церковь, последовали исцеления, и чума в Москве прекратилась. В монастырской библиотеке хранилась рукопись с повестью о явлении и чудесах иконы. Чудотворной иконе был установлен праздник 15 октября в честь избавления Москвы от «морового поветрия». Во время чумы умерли 82 старицы, в том числе и настоятельница (1646–1654 гг.) игуменья Елена (Викентьева), выжили 39 сестёр. Некоторое время богослужения в Московском Алексиевском монастыре не совершались. В ходе раскопок, проведённых на месте Московского Алексиевского монастыря перед строительством храма Христа Спасителя, обнаружили «много костей без гробов в ямах», которые сочли «чумными захоронениями». В 1655–1657 гг. обитель возглавляла игуменья Марфа (Дерябина). Рассказ о том, что в 1671 г., при настоятельнице (1662–1690 гг.) игуменье Сусанне (Зиновьевой), в Московском Алексиевском монастыре содержалась сестра и соратница боярыни Феодосии Прокопьевны Морозовой раскольница княгиня Евдокия Прокопьевна Урусова, посланная в обитель «под крепкое начало с повелением водить её в церковь», также, по мнению исследователей, основан на монастырском предании. После кончины царя Алексея Михайловича (1676 г.) регулярные празднования его именин в монастыре прекратились. В 1685 г. Московский Алексиевский монастырь сгорел. Второй период расцвета монастыря в XVII в. связан с рождением 18 февраля 1690 г. царевича Алексея Петровича, которого назвали в честь деда; царские и патриаршие выходы в Московский Алексиевский монастырь для празднования именин возобновились с 17 марта 1690 г. и продолжались до 1696 г.