По повелению Меркурия, явившегося монахам во сне, они построили церковь в Эклане и скрыли мощи святого под плитой у входа во внутренний двор. Спустя примерно 95 лет Арехис II решил построить в Беневенто роскошную базилику во имя Святой Софии (Премудрости Божьей) по образцу Святой Софии Константинопольской. По воле Божьей он отыскал мощи Меркурия и 26 августа 768 г. перенёс их в построенную церковь в Беневенто (это событие ошибочно, по мнению исследователей, датируется 7 августа 738 г.). Сохранились документы, согласно которым в ноябре 774 г. Арехис предоставил монастырю и базилике Святой Софии в Беневенто различные привилегии и подношения, в числе которых – церковь Меркурия в Эклане. Ипполит Делеэ предположил, что в Беневенто привезли мощи не этого Меркурия, а одноимённого мученика из Эклана, память которого отмечена в «Мартирологе» Иеронима Стридонского под 25 или 26 августа. В трёх наиболее ранних рукописях «Мартиролога» (бернской, из Эхтернаха и из аббатства Вайсенбург, VIII в.) содержится запись: «В Апулии, в городе Эклане, мученика Меркурия». Таким образом, в середине V в. в Эклане почитался местный мученик Меркурий, но впоследствии сведения о нём были забыты. Луи Дюшен отождествил Меркурия из Эклана с этим Меркурием, однако, по мнению других исследователей, эта гипотеза является ошибочной, поскольку текст Мартиролога Иеронима Страдонского из этих рукописей восходит к его италийской редакции, датируемой V в., когда мощи Меркурия почитались в Кесарии Каппадокийской, и Сказания об их перенесении в Беневенто ещё не существовало. После нахождения Арехисом мощей Меркурия и их перенесения в Беневенто экланского святого отождествили с этим Меркурием, предания о котором в то время уже были известны в Италии от греков. В календаре монастыря Святой Софии в Беневенто Меркурий поминается под несколькими числами: под 17 августа указан праздник освящения алтаря в честь Меркурия; под 26 августа – день перенесения мощей святого; под 24 ноября – канун дня памяти мученика; под 25 ноября – день его мученической кончины; под 2 декабря – октава праздника. Частицы мощей святого хранятся в Италии: в монастырском комплексе Монтеверджине близ Авеллино, в церкви Спасителя в Торо, в церкви Сан-Меркурио в Серракаприоле (область Апулия), в церкви города Арки (область Абруццо). В Палермо есть посвящённая ему часовня, которую украсил лепниной Джакомо Серпотта. Мученик считается покровителем Беневенто, Семинары, Серракаприолы, Торо. В Канне-делла-Батталья (Апулия) в 1146–1200 гг. находился монастырь Меркурия. Исследователи полагают, что частица мощей Меркурия была перевезена из Беневенто в Монте-Кассино аббатом Дезидерием (впоследствии папа Римский Виктор III) немного раньше 1086 г. Согласно средневековым западным Хроникам XII–XIII вв., Меркурий вместе с великомучениками Георгием Победоносцем и Димитрием Солунским явился крестоносцам и возглавил христианское войско при взятии Антиохии в 1098 г. В других источниках в числе святых воинов-покровителей также указываются великомученик Феодор Стратилат или святой Маврикий (иногда вместо великомученика Димитрия Солунского). В западных «исторических» Мартирологах IX в. Меркурий не упоминается. Кардинал Цезарь Бароний внёс в «Римский Мартиролог» (1580 гг.) память Меркурия под 25 ноября. В современной редакции Римского Мартиролога мученик поминается под тем же числом. В западной литургической традиции в честь Меркурия были написаны многочисленные гимны.