К началу XX в. мощи преподобного Макария пребывали в Троицком соборе в серебряной раке (1699 г.), которая к 2016 г. находилась в тверском соборе Святой Троицы («Белая Троица»). Особо почиталась икона преподобного Макария, находившаяся у гробницы, в ногах преподобного. На ней святой был изображён в полный рост с грамотой в руках, воспроизводившей посмертное завещание братии: «Разумейти убо братия, аще имам дерзновение к Богу, по отшествии моем, обитель сия не оскуднеет, но распространится». В монастыре находилась икона Нерукотворного образа Спасителя, список 1795 г. с иконы, выполненной по заказу царя Ивана IV Васильевича в Риме с римского образа. В XIX в. в ризнице хранились предметы, связанные с преподобным Макарием Калязинским, а также напрестольный кипарисовый крест – дар 1812 г. потомка преподобного Макария Я.Н. Кожина (по преданию, из кельи преподобного). Здесь же хранились кипарисовый крест (1632 г.), обложенный серебром, серебряный чеканный крест (1684 г.), серебряные сосуды, подаренные митрополитом Сарским Серапионм (Сысоевым), серебряные дарохранительница (1664 г.) и кадило (1686 г.), атласная палица (1664 г.), вызолоченная серебряная панагия с 45 частицами мощей святых. В Макариевской церкви хранились части дубового гроба преподобного Макария и деревянный крест, воздвигнутый, по одному преданию, на месте основания Макариева Калязинского монастыря, по другому – на его могиле. В монастыре хранились вклады царей Василия Ивановича Шуйского (в том числе облачения 1610 г. («В даче приведены на государево и царево великого князя Михаила Феодоровича всея Русии имя»)), Михаила Фёдоровича Романова (в том числе 1623 г.: покров, 6 золотых, 10 руб.; 1635 г.: по отцу колокол 170 пудов), его матери великой старицы Марфы Ивановны (1612 г.: ткань (камка, атлас, бархат) – 55 аршин). Царь Борис Годунов передал монастырю серебряную раку для мощей преподобного Макария, в 1610 г. увезённую польско-литовским отрядом Лисовского. Царь Михаил Фёдорович Романов повелел отлить для обители колокола (вклады 1619 и 1635 гг.). Царь Алексей Михайлович пожертвовал ризы, епитрахиль и стихарь из порфиры, напрестольное Евангелие 1634 г. (Калязинский музей). Царица Наталия Кирилловна, мать императора Петра I, пожаловала церковный сосуд. Конюший и боярин Дмитрий Иванович Годунов (дядя царя Бориса Годунова) в 1602 г. «за свое здравие и жены своей Матрены» пожаловал в обитель лицевую Псалтирь.