Исследователи полагают, что намёк на описанные события содержится в тексте «Духовной грамоты» Иосифа Волоцкого. Упоминая о семи монахах, которые пришли с Макарием, преподобный Иосиф отметил, что «они же всех просвещающе и на полезная учаху, и иже в добродетелех живущих подтвръжаху, а иже в безчиньство уклонивьшихся, таковым възбраняюще и запрещающе и не попущающе своим волям последовати». Старец Митрофан (Бывальцев), проживший девять лет на Афоне, оказавшись в Макариевом Калязинском монастыре, признал, что «всуе трудихся и без успеха шествовах толик путь, еже в Святую гору, мимо Колязиньской монастырь: мощно бо есть в нем живущим спастися, въ всем бо подобно творится зде киновиам, иже въ Святей горе сущим». В Макариевом Калязинском монастыре побывал и получил благословение Макария путешественник Афанасий Никитин. Основатель монастыря не уклонялся ни от тяжёлой, ни от грязной работы, ходил в простой одежде, радовался, когда его принимали за одного из «убогих». В 1483 г. он был погребён в обители. 26 мая 1521 г. при копании рвов для строительства Троицкого собора были обретены нетленные мощи преподобного Макария, на Соборе 1547 г. он причислен к лику общерусских святых. В XV в. Макариеву Калязинскому монастырю покровительствовали Тверские великие князья Борис Александрович и Иван Борисович. После присоединения в 1485 г. Тверского княжества к Москве территория обители вошла в состав Дмитровского уезда князя Юрия Ивановича, брата великого князя Московского Василия III Ивановича. В 1544 и 1553 гг. монастырь посещал царь Иван IV Васильевич, в 1599 г. – царь Борис Фёдорович Годунов с семьёй, который просил благословение на предполагавшийся брак дочери. С августа по октябрь 1609 г., во время польско-шведской интервенции, в Макариевом Калязинском монастыре располагалась ставка воеводы Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, 28 августа того же года разбившего на реке Жабне (правом притоке Волги, в устье, напротив монастыря) польско-литовские войска под предводительством Яна Сапеги и Анджея Зборовского. 2 мая 1610 г., после осады, Макариев Калязинский монастырь был захвачен отрядом Александра Юзефа Лисовского, 68 защитников обители во главе с игуменом Левкием и воеводой Давидом Васильевичем Жеребцовым, укрывавшихся в трапезной, были сожжены заживо, рака преподобного Макария рассечена и увезена. При этом войска А.Ю. Лисовского и казаки Андрея Захаровича Просовецкого всю «казну монастырскую поимаша и монастырь выжгоша» («Полное собрание русских летописей», том 14). В 1619 г. монастырь посетил царь Михаил Фёдорович, в 1635 г. – его отец Московский  патриарх Фиоарет (Романов). В 1654 г., во время «моровой язвы», Макариев Калязинский монастырь стал резиденцией семьи царя Алексея Михайловича и патриарха Московского и всея Руси Никона (Минова). Фактически обитель стала местом пребывания высшей власти. Но в последней четверти XVII в. обстановка в монастыре дала повод для создания одного из лучших памятников литературной сатиры на быт чёрного духовенства – «Калязинской челобитной» (монастырь был местом заключения государственных преступников). В конце XVII в. в обитель совершал потешные походы из села Преображенского юный Пётр I, в 1767 г. Макариев Калязинский монастырь посетила и сделала денежный вклад в обитель императорица Екатерина II. В 1837 г. в монастыре побывал цесаревич Александр Николаевич (будущий император Александр II) во время путешествия по Волге.