Статус настоятеля Макариева Калязинского монастыря был весьма высок. Игумен Феодосий (1610–1622 гг.) подписывал грамоту об избрании Михаила Фёдоровича Романова на царство. Игумен Феодорит (1571–1573 гг.) присутствовал на церковном Соборе 1572 г. по случаю четвёртого брака царя Ивана IV Васильевича, архимандрит Сергий – на венчании на царство Фёдора Алексеевича. В 1655 г. жена царя Алексея Михайловича царица Мария Ильинична исходатайствовала для Макариева Калязинского монастыря архимандритию. В 1764 г. при учреждении штатов обитель приписали к первоклассным необщежительным, и она заняла 11-е место в иерархии монастырей. В 1776 г. монастырская слобода была преобразована в город Калязин, ставший уездным центром, в обители размещались уездный и земский суды, казначейство, дворянская опека. В XVIII в. по штату в Макариевом Калязинском монастыре было положено 58 человек, в XIX в. – 33, но в 1894 г. в монастыре проживало 26 человек. Некоторые настоятели Макариева Калязинского монастыря становились архиереями: в 1573 г. игумен Феодорит был хиротонисан во епископа Тверского и Кашинского, архимандрит Рафаил (Заборовский) в 1725 г. – во епископа Псковского (впоследствии митрополит Киевский, Галицкий и всея Малыя России), архимандрит Серапион (Лятошевич) в 1745 г. – во епископа Можайского и Волоколамского, в 1773 г. архимандрит Арсений (Верещагин) – во епископа Архангелогородского и Холмогорского (в 1799 г., согласно завещанию, погребён в Макариевом Калязинском монастыре), архимандрит Тихон (Малинин) в 1775 г. – во епископа Воронежского и Елецкого, архимандрит Иларион (Кондратковский) в 1776 г. – во епископа Переяславского и Бориспольского, архимандрит Феоктист (Мочульский) в 1784 г. – во епископа Орловского и Севского, архимандрит Арсений (Василий Москвин) в 1798 г. – во епископа Старорусского, архимандрит Иоанн (Островский) в 1800 г. – во епископа Пермского, архимандрит Евгений (Романов) в 1800 г. – во епископа Костромского, архимандрит Иоасаф (Сретенский) в 1810 г. – во епископа Старорусского, архимандрит Михаил (Бурдуков) в 1814 г. – во епископа Иркутского, архимандрит Самуил (Запольский-Платонов) в 1817 г. – во епископа Костромского, архимандрит Афанасий (Протопопов) в 1823 г. – во епископа Чигиринского, архимандрит Арсений (Фёдор Москвин) в 1832 г. – во епископа Тамбовского и Шацкого (впоследствии митрополит Киевский), архимандрит Афанасий (Соколов) в 1841 г. – во епископа Томского и Енисейского. Настоятелю (1850–1852 гг.) архимандриту Феофану (Александрову), который раньше был ректором Казанской духовной семинарии, настоятелем московского монастыря Донской иконы Божьей Матери, Синод разрешил совершать богослужения в Макариевом Калязинском монастыре с трикирием и дикирием. Настоятель (1865–1881 гг.) архимандрит Макарий (Каменецкий), который раньше служил иеромонахом во флоте и участвовал во многих сражениях, скончался в Макариевом Калязинском монастыре. Большинство настоятелей XIX в. исполняли должность ректора Тверской духовной семинарии. Игумен Палладий (Роговский), бывший крепостной Макариева Калязинского монастыря, с 1700 г. служил настоятелем Заиконоспасского в честь Нерукотворного образа Спасителя монастыря и ректором Славяно-греко-латинской академии. Он стал первым русским доктором философии и богословия, получившим ученую степень в Западной Европе.