На предложение считать святоотеческое выражение «через Сына» равнозначным выражению «от Сына» автор отвечает, что предлоги «через» и «от» действительно имеют один и тот же смысл в Священном Писании, когда в словах, относящихся к творению мира, говорится о Сыне без упоминания об Отце. Но при разговоре о происхождении Святого Духа Отец не может не упоминаться, пишет Марк Евгеник, и потому выражение «через Сына» означает здесь нечто иное, а именно «с Сыном» и «через посредничество Сына». Однако последнее выражение, похоже, не устроило Марка Евгеника из-за того, что его можно понять в причинном смысле, и ниже в том же сочинении он предложил понимать выражение «через Сына» уже иначе – как «не без Сына» и как указание на одновременность рождения Сына и исхождения Святого Духа. Аналогию человека, рождающегося «от отца через женщину», автор отвергает как вводящую две причины. В «Силлогистических главах» оспаривается и довод Фомы Аквинского, согласно которому лишь противоположность отношения может являть различия между божественными Лицами, т.к. иные противопоставления не имеют места в Троице. По мнению Марка Евгеника, для различия божественных Лиц друг от друга достаточно того, что Отец противоположен Сыну и Святому Духу как «беспричинный» тем, кто имеют причину, а Сын и Святой Дух, в свою очередь, различаются друг от друга образами Своего бытия как «рождённый» и «исходящий». Говоря это, Марк Евгеник не задаётся, казалось бы, закономерным вопросом о том, в чём же состоит различие между рождением и исхождением, и лишь впоследствии замечает между прочим, что оно для нас «непознаваемо и неизреченно». Уже после приведённого возражения Фоме Аквинскому Марк Евгеник останавливается на более общем тезисе западных богословов, согласно которому различия бывают лишь либо относительно материи, либо относительно одной из противоположных черт. Стараясь показать, что даже в тварных вещах материя или противоположность не сами вносят причину различия, но только являются следствием имеющихся различий, Марк Евгеник утверждает бесколичественность, неразделимость и неразличимость материи и, в конце концов, приходит к выводу, что изначальной причиной любого различия является не что иное, как «разделение». По сравнению с классическими византийскими трудами против Filioque новыми исследователи называют рассуждения Марка Евгеника, в которых он рассматривает проблему как относящуюся к определённому действию. Так, он приходит к выводу, что учение Западной церкви ведёт к признанию в Троице четырёх «действующих факторов». Применяя давний приём доведения учения о Filioque до абсурда, Марк Евгеник ставит вопрос о том, свойством чего является «быть началом Божества», и предлагает три варианта, согласно которым это является свойством или Ипостасей Отца и Сына, или Их естества, или Их действия.