Изданы: ямбические стихи Пресвятой Богородице и святоу Онуфрию, стихи на погребение Иосифа Вриенния и «героические стихи» ему же, оплакивание в стихах сводов Манганского монастыря, ямбы на погребение Макария Коронаса, ямбы преподобному Марку-аскету, иконе трёх святых отроков в Эфесе, иконе великомученика Иакова Персянина, стихи на погребение монаха Макария в монастыре Ксанфопулов, на погребение детей Димитрия Цамблакона в том же монастыре, на погребение Исаака Асаниса и его внучки в монастыре Христа Человеколюбца, «героические» стихи на погребение монаха Макария на острове Халки, стихи святому Антипе, стихи на погребение Димитрия Леонтариса в монастыре Петры, стихи иконе святого Феодосии и патриарха Иосифа, «героические стихи» на погребение Элевтерия Амируциса в Трапезунде, стихи Коринфу, монодия на взятие Фессалоники, описания образов Ефрема, увенчанных мучеников и Богоматери, сочинения «Об Иисусовой молитве», «Увещевательные душеполезные главы», «Собирательная молитва» Животворящей Троице, молитва за императора, речь на упокоение Макария Коронаса. Остаются неизданными принадлежащие Марку Евгенику парафразы канонов Иоанна Дамаскина на Богоявление и на Пятидесятницу, а также молитвенное обращение к великомученику Георгию (названные гимнографические сочинения Марка Евгеника сохранились в рукописях). Раньше ошибочно приписывалось ему авторство канона архангелу Михаилу и канона Богородице, изданного в «Теотокарионе» преподобного Никодима Святогорца. Среди образцов литургической поэзии, на которые ориентировался Марк Евгеник, Э. Минева выделяет акафист и канон в последовании акафиста Иосифа Песнописца, творения Романа Сладкопевца, ямбический канон Иоанна Дамаскина на Рождество Христово, последование Михаила Пселла Симеону Метафрасту и др. Рукопись содержит ряд сочинений Марка Евгеника, записанных им самим (в той же рукописи немало и текстов, переписанных братом Марка Евгеника Иоанном Евгеником). В другой рукописи Марк Евгеник переписал «Грамматику» Мануила Хрисолора, в которой значительная часть текстов принадлежит учителю Марка Евгеника Иоанну Хортазмену, и им же была записана. Также Марк Евгеник лично переписал различные тексты в сборниках, составленных, как полагают исследователи, им самим в Константинополе. Сохранились пометки, сделанные Марком Евгеником на двух рукописях второй половины X в., принадлежавших монастырю святого Георгия в Манганах (с гомилиями Иоанна Златоуста и с «Иудейскими древностями» Иосифа Флавия). Записи Марка Евгеника сохранились также в кодексах второй половины IX в., сочинениях Арриана и других авторов начала XIV в. (диалоги Платона).