Многие богословские идеи Марка Евгеника были им изложены в сочинениях, написанных в связи с Ферраро-Флорентийским собором и заключённой на нём церковной унией. Как полагают исследователи, первым из таких сочинений стала «Гомилия к папе Евгению IV», подготовленная в начале мая 1438 г. по просьбе кардинала Джулиано Чезарини. Не употребляя в ней самого слова «Filioque», Марк Евгеник называет его «новым прибавлением, которое рассекло и разделило Тело Христово». Говоря сразу вслед за этим в первом лице множественного числа: «Мы... сделали ущербной веру отцов и вводим как бы более совершенную нашу веру..., проповедуем иное Евангелие вопреки тому, которое приняли», – Марк Евгеник тем самым даёт понять, что именно западных христиан он считает виновными в этих неблаговидных действиях. Призывает папу «ради икономии» изъять добавление из Символа веры, ввиду того, что оно смущает восточных христиан. Точно так же он призывает отказаться и от пресного хлеба на литургии – не потому, что он плох, но потому, что он вводит в соблазн греков, которые считают его несовершенным и мёртвым. Эти призывы к переменам в Западной церкви Марк Евгеник обосновывает картиной великих несчастий, претерпеваемых восточными христианами от «варваров», т.е. турок, – как если бы сами изменения в церковной практике на Западе могли избавить греков от притеснений. Своё учение об уделе умерших Марк Евгеник развивает сначала в ответе на изложенное в трактате Джулиано Чезарини учение Западной церкви о чистилище. Возражая мысли о том, что есть некое третье, отличное от ада и рая место пребывания душ, Марк Евгеник в то же время признаёт пользу молитвы за умерших, упоминаемой в Библии и в сочинениях отцов церкви. По его мнению, «душам, находящимся в аду и уже преданным вечным мукам... возможно помочь и оказать некую малую помощь, хотя и не так, чтобы полностью избавить их от мучения или дать надежду на окончательное освобождение». Одновременно он считает, что для некоторых душ (а именно согрешивших не тяжело) пребывание в аду не является вечным, что как раз и оправдывает молитвы за них. В подтверждение этого мнения Марк Евгеник приводит прошения об усопших из канонов Феофана Начертанного и Феодора Студита: «Слёз и воздыхания сущие во аде рабы Твоя свободи, Спасе»; «да вечного огня избавит их»; «огня присно палящаго, и тьмы несветимыя, скрежета зубного, и червия безконечно мучащаго, и всякаго мучения избави, Спасе наш, вся верно умершия». Для автора ответа важно, что во всех этих местах речь идёт об избавлении от «вечного огня», а не от «очищающего», о котором говорят западные христиане. Кроме того, цитатой из «Ареопагитик» Марк Евгеник обосновывает мысль о том, что молитвы уместны и за тех умерших, которые уже наслаждаются блаженством у Бога. Одну из двух главных новозаветных цитат, привлечённых кардиналом Джулиано Чезарини для обоснования чистилища (1 Кор. 3:12–15), автор ответа находит неубедительной среди прочего потому, что в ней говорится о грядущем Страшном суде (дне Господнем), после которого, считает он, уже невозможно существование какого-либо очистительного огня.