В Риме были приняты чрезвычайные меры, как при мобилизации в ходе Пунических войн (III в. до н.э.). В легионы впервые были зачислены отпущенные на волю рабы, 9 тыс. гладиаторов; на форуме Траяна Марк Аврелий устроил распродажу дворцовых ценностей, в том числе произведений искусства. В 168 г. Марк Аврелий и Луций Вер возглавили войска; их ставка была размещена в Аквилее, а к концу года – в Карнунте (к востоку от современной Вены). С этого времени и до смерти Марк Аврелий почти непрерывно участвовал в военных походах, лишь ненадолго возвращаясь в Рим. В начале 169 г. Марк Аврелий вернулся в Рим, а Луций Вер скончался по дороге в Аквилее. В это время костобоги разоряли Фракию и достигли Элевсина близ Афин. Римская территория была освобождена от варваров лишь в конце 171 г. В 172 г. римляне перешли Дунай близ Карнунта и начали карательную кампанию против маркоманнов и их союзников варистов. В честь новых побед Марк Аврелий принял титул «Германский». В 173 г. состоялся поход против квадов, живших по берегам Дуная восточнее маркоманнов; в 174 г. были подчинены квады в долине Тисы, восточнее Дуная. Марк Аврелий вынашивал планы по созданию новых провинций Маркомания и Сарматия на землях между средним Дунаем и Дакией, а также к северу от Норика (современная территории Восточной Венгрии, Северо-Восточной Румынии, Северной Сербии и Юго-Восточной Словакии). По мнению античных историков, планам Марка Аврелия помешал мятеж наместника Сирии Авидия Кассия, который весной 175 г. провозгласил себя императором. В это время Марк Аврелий надолго оставил придунайские провинции и отправился на Восток. Мятеж был подавлен, а Авидий Кассий был убит ещё до приезда Марка Аврелия, однако император посчитал необходимым для умиротворения подданных совершить большую поездку по восточным провинциям, побывал в Сирии, Египте и Греции. В конце 176 г. ненадолго вернулся в Рим, где отсутствовал уже восемь лет. Вместе с Коммодом Марк Аврелий отпраздновал новый триумф. В 177 г. маркоманны и квады разорвали заключённые с ними договоры и вновь напали на дунайскую границу, что послужило началом второй Маркоманской войны. В августе 178 г. Марк Аврелий с сыном вернулся в Карнунт и успешно провёл новую военную кампанию. Квады были согнаны со своих земель и отброшены на запад, на германские земли. Во время этой войны, в 180 г., Марк Аврелий умер в Виндобоне, как полагают исследователи, от эпидемии. Его наследник Коммод отказался от активных действий против варваров и вскоре заключил с ними мир. На 165–180 гг. приходится пик распространения крупнейшей пандемии, жертвами которой в Римской империи стали миллионы человек. На основании описания симптомов в трудах свидетеля этих событий выдающегося медика Галена исследователи предполагают, что это была чёрная оспа или корь, хотя окончательно характер заболевания не выяснен. Смертность достигала четверти всех заболевших. Эпидемия предположительно пришла со Среднего Востока и среди римлян впервые возникла зимой 165/166 гг., во время осады Селевкии-на-Тигре. На территорию империи эпидемию принесла римская армия из Месопотамии после завершения Парфянской войны. В течение следующих пяти лет болезнь охватила бо́льшую часть областей империи. Зимой 168/169 гг. больных солдат в Аквилее обследовал Гален. В 169 г., как полагают исследователи, от той же эпидемии скоропостижно умер император Луций Вер. В 170 гг. болезнь временно пошла на убыль. Но около 187 – 188 гг., уже при Коммоде, разразилась с новой силой. По сообщению Диона Кассия (начало III в.), число жертв в Риме временами достигало 2 тыс. человек ежедневно.