Во второй половине 1770 гг. Г.Э. Лессинг в редактируемом им альманахе «К истории и литературе: Из сокровищ герцогской библиотеки в Вольфенбюттеле» опубликовал под заглавием «Фрагменты неизвестного» материалы к сочинению по библейской критике «Апология, или Охранная грамота разумных богопочитателей», взятые из рукописного наследия Г.С. Реймаруса, рассчитывая на публичную дискуссию. Публикация стала поводом к жестокой полемике о соотношении разума и откровения между Г.Э. Лессингом и гамбургским пастором И.М. Гёце, на чьи отчасти оскорбительные выпады Г.Э. Лессинг ответил в период с декабря 1777 г. по июль 1778 г. серией полемических памфлетов под общим названием «Анти-Гёце» («Anti-Goeze»). Спор приобрёл такую остроту и имел столь широкий резонанс, что после выхода одиннадцатого памфлета «Анти-Гёце» брауншвейгский герцог, уступив давлению духовенства, отозвал у Г.Э. Лессинга освобождение от цензуры. Продолжением этой полемики в художественной форме стало одно из вершинных достижений Лессинга-драматурга – драматическая поэма «Натан Мудрый» («Nathan der Weise». 1779 г.), поднявшая проблему веротерпимости на примере взаимоотношений иудаизма, христианства и ислама в средневековом Иерусалиме и имевшая общеевропейский успех (в течение года была трижды переиздана и переведена на английский, французский и голландский языки). Параллельно Г.Э. Лессинг работал над циклом диалогов «Эрнст и Фальк: Диалоги для масонов» («Ernst und Falk: Gespräche für die Freimaurer»; первая часть вышла в 1778 г., вторая – в 1780 г.), где изложил свой взгляд на истинный смысл и цели деятельности масонских лож. Свои философско-исторические воззрения Г.Э. Лессинг подытожил в трактате «Воспитание человеческого рода» («Erziehung des Menschengeschlechts»), законченном в 1780 г. Полемическое размежевание Г.Э. Лессинга с христианским богословием протекало на фоне глубокого личного кризиса, связанного с крахом попытки создания семьи. В июне 1770 г. он завязал переписку с Евой Кёниг, вдовой Э. Кёнига, препоручившего ему перед смертью заботы о благополучии жены и четырёх детей. В 1771 г. состоялась их помолвка, бракосочетание же стало возможным только в октябре 1776 г., после того как брауншвейгский герцог откликнулся на многократные прошения Г.Э. Лессинга о повышении жалованья. Однако брак продлился всего 14 месяцев: в декабре 1777 г. Ева Лессинг родила сына, который через сутки умер, а 10 января 1778 г. скончалась и она сама. Последние годы жизни Г.Э. Лессинга отмечены погружённостью в литературное и философское творчество, но вместе с тем и ощущением изоляции и одиночества, которое усилилось вследствие прогрессирующей потери зрения. В этом контексте своеобразное символическое значение приобрела состоявшаяся в 1780 г. беседа с Фридрихом Генрихом Якоби, в ходе которой Г.Э. Лессинг признался в приверженности философии Бенедикта (Баруха) Спинозы (это высказывание Г.Э. Лессинга послужило после его смерти поводом к «спору о пантеизме»). Г.Э. Лессинг скончался от сердечной недостаточности во время посещения друзей в Брауншвейге.