Протопресвитер Успенского собора Московского Кремля Николай Александрович Любимов впоследствии писал о причинах недовольства части военного духовенства кандидатурой П.И. Лепорского: «У отца Лепорского есть один минус, который может быть поставлен ему в вину, это – именно то, что он был священником в санитарном поезде Александры Фёдоровны, чем и не преминет воспользоваться недовольное его назначением военное духовенство». Указом от 26 апреля 1917 г. Синод принял отставку Г.И. Шавельского и тем же указом назначил новым протопресвитером П.И. Лепорского с оставлением его экстраординарным профессором Петроградской духовной академии. Однако П.И. Лепорский в новую должность так и не вступил. Уже 7 мая 1917 г. Г.И. Шавельский написал письмо обер-прокурору В.Н. Львову, в котором, отметив, что военный министр Александр Фёдорович Керенский направил его в ставку в качестве протопресвитера, попросил считать его прошения об отставке недействительными (Российский государственный исторический архив). На втором Всероссийском съезде военного и морского духовенства, проходившем 1–11 июля 1917 г. в Могилёве, посредством закрытой баллотировки (45 положительных голосов из 48) 9 июля Г.И. Шавельский был избран протопресвитером военного и морского духовенства. Председателем съезда являлся П.И. Лепорский (Российский государственный исторический архив). На том же съезде П.И. Лепорский был избран делегатом на поместный Собор Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. от военного и морского духовенства. Будучи членом Собора, П.И. Лепорский с 24 августа 1917 г. состоял заместителем председателя Отдела по личному составу. Участвовал во всех трёх сессиях Собора. 19 августа 1917 г. был выдвинут кандидатом в Помощники секретаря Собора, 21 августа – в члены Совета Поместного Собора. 22 августа был приглашён Соборным Советом для составления соборного послания к чадам православной церкви, 23 сентября 1917 г. – для передачи послания Собора Румынскому фронту. 3 июня 1918 г. в рамках визита в Петроград патриарх Тихон (Беллавин) посетил Петроградскую духовную академию, где его встречали преподаватели и студенты. От лица профессорско-преподавательского состава патриарха приветствовал П.И. Лепорский. С 1 мая 1920 г. по 1 октября 1921 г. П.И. Лепорский был сотрудником второго отделения четвёртой секции Единого государственного архивного фонда. С 4 декабря 1921 г. П.И. Лепорский – профессор Петроградского Богословского института на кафедре иностранных исповеданий, преподавал сравнительное богословие и «введение в науку о религии» (Отдел рукописей Российской национальной библиотеки). В 1917 г. полностью прекратилось поступление государственных средств на содержание храма, настоятелем которого был П.И. Лепорский. В связи с этим Петроградское епархиальное управление в начале 1918 г. поручило ему выяснить у наркома просвещения Анатолия Васильевича Луначарского (1875–1933 гг.) судьбу «памятников, храмов, как-то: Исаакиевского собора, Казанского собора, церкви Воскресения на крови, Спаса на водах и т.д.».