Обширная монография П.И. Лепорского состояла из 25 глав и приложения. Среди большого перечня тезисов, вынесенных на защиту, был и тезис о подлинности «Сборника Фессалоникской Церкви». Официальные оппоненты, профессор Иван Саввич Пальмов (1855–1920 гг.) и профессор Александр Иванович Бриллиантов (1867–1933 гг.), высоко оценили диссертацию. И.С. Пальмов отмечал: «Трудолюбие и дарования автора, методическое изучение предмета исследования – притом под руководством такого несравненного учёного, каким был незабвенный наш профессор В.В. Болотов, помогли ему вести свою трудную учёную работу с успехом и прийти к выводам, в научном отношении обоснованным». Защита состоялась 7 июня 1901 г. 26 июня того же года П.И. Лепорский был утверждён в степени магистра богословия. В 1902 г. за диссертационное сочинение П.И. Лепорскому была присуждена академическая премия имени митрополита Григория (Постникова). С 1895 по 1906 гг. редакция академических журналов «Христианское чтение» и «Церковный вестник» издала полное собрание Слов и поучений Иоанна Златоуста, поэтому обращение к наследию святителя среди профессоров и студентов столичной академии особенно в этот период времени было закономерным. П.И. Лепорский посвятил статью учению Иоанна Златоуста о совести. В 1903 г. П.И. Лепорский опубликовал рецензию на книгу Адольфа фон Гарнака (1851–1930 гг.) «Сущность христианства» («Das Wesen des Christentums»). Книга этого немецкого теолога и историографа, представителя так называемой, вызвала широкий резонанс и стала одним из самых читаемых богословских сочинений на рубеже веков. Напечатанная в 1900 г., она практически сразу была переведена на английский, датский, голландский языки; русский перевод вышел в 1907 г. В рецензии П.И. Лепорский отмечает, что сочинение Адольфа фон Гарнака имеет положительное значение, будучи своеобразной апологией христианства, указывает, что в рассуждениях Адольфа фон Гарнака о Евангелии и аскетизме, Евангелии и социальном вопросе, Евангелии и праве «можно найти интересные и полезные мысли». Вместе с тем, по мнению П.И. Лепорского, Адольф фон Гарнак, «бросив укор в духовной слепоте» 19 векам существования христианства, с самоуверенностью заявляет, что «мы в Берлине постигли, наконец, истину». Для этого, пишет П.И. Лепорский, нужно «обладать поистине титанической смелостью и… поистине сатанинской научной гордостью». Отвечая на критику Адольфа фон Гарнака в адрес христологии, которая, по его мнению, не даёт умиротворения христианскому миру, П.И. Лепорский замечает, что главный смысл догмата Боговоплощения заключается в том, что «христианство без Божества Христа – красивая форма без идеи, тело без духа жизни». Работа П.И. Лепорского «Тридцать девять членов церкви английской» (1904 г.) явилась, как полагают исследователи, ответом на книгу англиканского епископа Солсбери Джона Вордсворта «Учение англиканской церкви о некоторых предметах веры, изложенное для осведомления православных христиан Востока в форме вопросов и ответов». В статье П.И. Лепорский критически рассматривает в соотношении с православным вероучением три пункта англиканского учения, вызывавшие наибольшие споры: учение о предопределении, о церкви и об иерархии, о таинствах.