16 января 1905 г. П.И. Лепорский был избран экстраординарным профессором Санкт-Петербургской духовной академии. Он руководил написанием кандидатских диссертаций студентами академии, чаще всего предлагал темы, связанные с развитием отечественной богословской мысли в XIX в. Так, например, отдельные работы были посвящены богословскому наследию Феофана Затворника (Говорова) и святого праведного Иоанна Кронштадтского. Цикл студенческих исследований был посвящён обзору догматических сочинений отечественных богословов второй половина XIX в. Под руководством П.И. Лепорского в 1913 г. Михаил Кронидович Сперанский (впоследствии протоиерей и ректор Ленинградских духовной академии и семинарии) написал кандидатскую диссертацию на тему «Богословские воззрения В.С. Соловьёва». В декабре 1906 г. П.И. Лепорский был назначен председателем учреждённого при Санкт-Петербургской духовной академии студенческого богословского кружка. Предполагалось, что члены кружка будут еженедельно выступать с рефератами на богословские темы. На закрытые заседания кружка, где обсуждались вопросы административного характера, посторонние лица не допускались. На открытых заседаниях зачитывались доклады с последующим обсуждением. Среди тем выступлений были: «Учение Льва Толстого о браке и критика его с христианской точки зрения», «Шестая заповедь и война», «О современных задачах духовенства», «Гоголь как христианин». Часто заседания кружка, начинавшиеся в 6 часов вечера, продолжались до 12 часов ночи. В 1909 г. было принято решение приступить к подробному и детальному изучению творений Григория Нисского. Деятельность кружка продолжалась вплоть до начала Первой мировой войны. В 1901–1903 гг. П.И. Лепорский принимал участие в Религиозно-философских собраниях. На 17-м заседании выступил с программным докладом, в котором отрицал возможность догматического развития в православном вероучении (см. Догматического развития теория). Вплоть до 1917 г. П.И. Лепорский принимал участие в деятельности организованного в 1907 г. Петербургского религиозно-философского общества. 25 ноября 1903 г. указом Синода П.И. Лепорский был назначен членом учреждённой в 1892 г. Комиссии по сношению со старокатоликами и англиканами под председательством архиепископа Финляндского и Выборгского Антония (Вадковского). 6 сентября 1907 г. резолюцией митрополита Антония (Вадковского) П.И. Лепорский был определён настоятелем собора Воскресения Христова (Спас на Крови) в Санкт-Петербурге с оставлением в должности профессора академии. 14 сентября того же года рукоположён во диакона, 16 сентября – во иерея с награждением набедренником; 3 октября награждён камилавкой и наперсным крестом; 14 октября возведён в сан протоиерея. 15 мая 1914 г. последовало «высочайшее пожалование» П.И. Лепорского золотым наперсным крестом из Кабинета Его Величества. 6 мая 1916 г. награждён палицей. 24 августа 1909 г. П.И. Лепорский вошёл в Исполнительную комиссию Строительного комитета по сооружению в Санкт-Петербурге храма-памятника в честь 300-летия Дома Романовых.