Исследователи полагают, что изменить решение по делу Луки митрополита заставила позиция Киевского князя Изяслава Ярославича, не разделявшего резкого неприятия «латинства» и стремившегося к восстановлению полноценного епископства в Новгороде наряду с княжением там своего старшего сына (юный Мстислав Изяславич был посажен отцом на новгородский стол примерно в одно время с освобождением Луки, в конце 1050 гг.). Лука скончался 15 октября «на Копысе» (переправа через Днепр на расстоянии около 700 км от Новгорода) по пути из Киева и «положен за Святою Софьею в Новегороде», т.е., как полагают исследователи, за алтарной частью («Новгородская Первая летопись»; «Полное собрание русских летописей», том 4, часть 1; в «Новгородской Карамзинской летописи» есть добавление: «...Того же месяца и гробу предан бысть своим клиросом» – «Полное собрание русских летописей», том 42). О кончине некоего Луки сообщало ныне утраченное граффито на стене Софийского собора, датируемое второй половиной XI или началом XII в.: «...Месяца октября 25 переставися Лука», однако, учитывая несовпадение летописной и эпиграфической дат, относится ли граффито к кончине епископа Луки, остаётся неясным. Исследователи полагают, что в период святительства Луки в Новгороде началось местное книгописание и сложение новгородских рукописных собраний. В 1047 г. священник, подписавшийся некрестильным именем «поп Упирь Лихыи», переписал в Новгороде «Книгу толковых пророчеств» по заказу князя Владимира Ярославича (оригинал труда новгородского иерея не сохранился, исследователям известны восходящие к нему списки XV–XVI вв.), однако в выходной записи Лука не упоминается, потому, как полагают исследователи, что Упырь Лихой был княжеским священником, не подчинённым напрямую местному архиерею. В 1056–1057 гг. диакон Григорий переписал рукопись Евангелия-апракос по заказу новгородского посадника Остромира (Иосифа) (см. ст. Остромирово Евангелие). Кодекс, судя по палеографическим данным и высокому уровню художественного оформления, скорее всего, как полагают исследователи, был создан в Киеве. Тем не менее, впоследствии (по крайней мере, в XVII в., когда оно было обозначено как «Софейское») «Остромирово Евангелие» хранилось в Софийском соборе. Исследователи не исключают, что оно изначально было переписано для вклада в кафедральный храм Новгорода, и Лука в выходной записи не упоминается потому, что он в то время был задержан митрополитом в Киеве; в таких обстоятельствах заботу о Софийском соборе взял на себя посадник – представитель княжеской власти. Алексей Александрович Шахматов считал Луку причастным к составлению древнейшего Новгородского свода 1050 г., сведения которого отразились в Начальном своде конца XI в. и в Новгородско-Софийском своде XV в. (в настоящее время эта точка зрения большинством исследователей не разделяется).