В долгом конфликте Папского престола с императором Фридрихом II Штауфеном французский король проводил политику уважительного нейтралитета, защищая, однако, интересы своего королевства и католической церкви во Франции. Последовательно искал справедливости и мира, не принимая ничьей стороны: поддерживал дружеские отношения с императором, обменялся с ним вассальной клятвой, регулярно переписывался, называя «преданнейшим и дражайшим другом»; разрешил французским рыцарям сражаться в Ломбардии в войсках императора. Когда же французские прелаты, следовавшие на Собор в Рим, были захвачены сыном императора Энцо (1241 г.) и в течение нескольких лет находились в плену на острове Сицилия, то только по настоянию Людовика IX Святого они были освобождены. Король не дал убежища во Франции тайно бежавшему из Италии папе Иннокентию IV (1243–1254 гг.), и тот укрылся в Лионе, который находился в прямой вассальной зависимости от императора, но тяготел к Французскому королевству и нередко воспринимался современниками как часть Франции. Когда же к Лиону выдвинулась армия императора, Людовик IX Святой направил туда свои войска (1247 г.). Король видел в политике Папского престола угрозу для истинной христианской веры, осуждал нетерпимость и озлобление в борьбе с императором, чрезмерную алчность Римских понтификов и членов папской курии. Защищая и охраняя церковь и духовенство во Франции, король был недоволен ростом материального могущества церкви и стремился к сокращению её прав. Способствовал разделению светской и духовной сфер в прерогативах католической церкви во Франции, что нашло отражение в начавшемся в 1232 г. конфликте с Милоном де Нантёйем, епископом Бове. В нарушение сеньориальных прав епископа король назначил мэром города своего ставленника Робера де Мюре. Недовольные этим назначением горожане подняли восстание. Противостояние, в которое были втянуты Годфруа де Клермон, преемник епископа Милона де Нантёйя, а также Реймсский архиепископ Анри де Дрё и другие французские прелаты, затянулось на 16 лет. Выдержав давление французского духовенства и папы Римского Григория IX, грозившего ему церковным отлучением, и заручившись поддержкой знати (сентябрь 1235 г., собрание в Сен-Дени), Людовик IX Святой утвердил верховную юрисдикцию короля в светских делах. Ему приписывали авторство указа, запрещавшего незаконную раздачу бенефициев, симонию и поборы Римской курии с французского духовенства (датируется мартом 1269 г., но, как полагают исследователи, был сфабрикован в XIV в. королевскими легистами). В 1265 г. Людовик IX Святой оспорил требование папы Римского Климента IV (1265–1268 гг.) единолично назначать кандидатов на вакантные церковные бенефиции. Король заявил о своём праве быть высшим судьёй над французскими епископами в мирских делах, оставив за папой Римским право судить в делах, связанных с церковными вопросами.