«Троицкие листки» были ориентированы на простых богомольцев, тех, кто не имели возможности читать объёмные святоотеческие и назидательные книги. Благодаря всеобъемлющей полноте содержания их называли «Добротолюбием для простого народа». Летом 1886 г., ввиду усиления деятельности антицерковных сил в российском обществе, возникла необходимость в увеличении тиража листков и в издании книг православного содержания, был поднят вопрос об устройстве при лавре собственной типографии. Но, несмотря на согласие учреждённого Собора лавры, решение вопроса было отложено на несколько лет. Типография при лавре была открыта лишь в 1894 г. (Российский государственный архив древних актов). За время управления Леонидом (Кавелиным) в лавре были проведены обширные реставрационные работы, приведена в порядок ризница, поновлен Успенский собор, позолочены иконостасы в нескольких церквах. «Будучи сам строгим монахом, о. Леонид требовал и от других строгого отношения к исполнению своих обязанностей. Он ввёл строгий порядок в жизнь обители. В то же время он много заботился и о внешнем благоустройстве ее; как хороший археолог, он, по поручению Московского Археологического Общества, восстановил главнейшие здания обители». Несмотря на многочисленные обязанности по должности наместника, Леонид (Кавелин) занимался изучением и публикацией памятников книгохранилища лавры – старопечатных книг, летописей, древних актов. Среди многочисленных трудов последнего периода его жизни особое значение имеют исследования, посвящённые истории обители: «Историческое описание Свято-Троицкие Сергиевы лавры, составленное по рукописным и печатным источникам Александром Васильевичем Горским в 1841 г.» с приложениями, составленными Леонидом (Кавелиным); «Описание славянских рукописей библиотеки Свято-Троицкой Сергиевой лавры», составленное библиотекарями лавры иеромонахами Иларием и Арсением и изданное при содействии Леонида (Кавелина); «Славянские рукописи, хранящиеся в ризнице Свято-Троицкой Сергиевой лавры» и др. Летом 1884 г. Леонид (Кавелин) провёл два месяца в Новоафонском во имя святого апостола Симона Канаита монастыре, где по материалам, «разбросанным в разных повременных кавказских (тифлисских) изданиях», и в монастырских записях, составил описание обители. В 1885 г. Леонид (Кавелин) издал «Житие преподобного и богоносного отца нашего Сергия чудотворца и похвальное ему слово, написанные в XV в. его учеником Епифанием Премудрым» (СПб., 1885 г.). В том же году приступил к фундаментальному труду «Систематическое описание славяно-российских рукописей собрания графа А.С. Уварова». Отдельным изданием книга вышла уже после смерти Леонида (Кавелина), в 1893–1894 гг. Однако из-за огромного объёма коллекции Леонид (Кавелин) описывал её не целиком, включив в свой каталог без изменений (вплоть до системы внутренних отсылок) описания приобретённых А.С. Уваровым собраний А.С. Норова, Ивана Никитича Царского и частично Ивана Петровича Сахарова. Это составило третью часть собрания, вошедшего в описание Леонида (Кавелина) (около 800 рукописей и 194 документа из 2243). Описание не было завершено, в него не вошли свыше 200 рукописей. В 1891 г. Леонид (Кавелин) издал книгу «Святая Русь, или Сведения о всех святых и подвижниках благочестия на Руси обще и местно чтимых до ХVIII в.: Справочная книга по русской агиографии» (СПб., 1891 г.). В статьях Леонида (Кавелина) 1888–1889 гг. нашла отражение полемика с историком Иваном Игнатьевичем Малышевским, которую он вёл во время работы над книгой по вопросу о происхождении княгини Ольги.