Принимая во внимание, что Леонид (Кавелин) не сумел расположить иерусалимское общество к «доверительным отношениям», без которых невозможна успешная работа миссии, митрополит пришёл к необходимости удаления его из Иерусалима: Леонид (Кавелин), «тяжело начальствовавший, подвергшийся неблагорасположению подчинённых и, при открывшемся их неповиновении, не оказавший великодушной рассудительности, а позволивший себе поступки, которые представляют его самого в странном виде, не может с пользою оставаться начальником миссии». Позже, усмотрев за поступками членов миссии (похищение тайных донесений Леонида (Кавелина), доведение их до сведения Блаженнейшего патриарха) направляющую руку консула А.Н. Карцова, митрополит Филарет (Дроздов) потребовал тщательного расследования иерусалимского дела. Он предложил пересмотреть меры, которые считал необходимыми прежде: «Не нужно ли, удалив из Миссии мятежников, на некоторое время оставить архимандрита, чтобы поддержать его достоинство и в лице его достоинство русской иерархии, иначе мятежное соумышление может почитать его убитым, хотя и не может приписать себе победу». Расценивая действия консула А.Н. Карцова направленными против Русской духовной миссии в Иерусалиме, митрополит Филарет (Дроздов) писал: «Если такой образ действования со стороны г. консула продолжится, то никакая Духовная Миссия в Иерусалиме в порядке существовать не может. Стоит только представить незаконный и несправедливый донос г. консулу, и законный начальник будет низринут, и незаконные доносители сделаются властителями». По мнению Московского архипастыря, «долг справедливости и охранения порядка не позволят Святейшему Синоду взирать на сие бездейственно». После продолжительной переписки было принято решение временно назначить начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме настоятеля церкви российского посольства в Константинополе архимандрита Антонина (Капустина), а на его место перевести Леонида (Кавелина). Синод в соответствии с определением от 23 июня 1865 г. известил Министерство иностранных дел, что члены Синода «находят полезным на время пребывания архимандрита Антонина (Капустина) в Иерусалиме вызвать в Константинополь начальника Иерусалимской Духовной Миссии архимандрита Леонида» (Российский государственный исторический архив). 15 июля 1865 г. был подписан синодальный указ о «временном» перемещении Леонида (Кавелина) и Антонина (Капустина). После того как архимандрит Антонин (Капустин) прибыл в Иерусалим (11 сентября 1865 г.), Леонид (Кавелин) приступил к сдаче дел миссии. При этом «отчётность её была найдена в образцовом порядке». 19 сентября Леонид (Кавелин) провёл ночь в храме Гроба Господня, 20 сентября передал в дар миссии свою библиотеку, 21 сентября выехал из Иерусалима. «Оставляя Святой Град Иерусалим, – писал он А.С. Норову 2 ноября 1865 г., – я, конечно, по долгу христианскому, простился со всеми, начиная с Блаженнейшего, и был весьма утешен тем искренним приветом и откровенным выражением сочувствия ко мне от всех благонамеренных лиц греческого духовенства, в особенности преосвященного Никифора и фаворского отца Иоасафа и всего Святогробского братства. Все русские поклонники с моим братством и с о. архимандритом Антонином провожали меня до Поклонной горы с благожеланиями и благословением».