После смерти кардинала Гумберта и появления трактата Беренгария Турского «Записка против Собора» («Scriptum contra synodum»; полностью не сохранилась, однако обширные цитаты присутствуют в сочинении Ланфранка), в котором тот вернулся к прежним мнениям, Ланфранк счёл своей обязанностью выступить с письменной апологией церковных решений и изложить истинное католическое учение о евхаристии. С этой целью в середине 1060 гг. он написал сочинение «О Теле и Крови Господа» («De corpore et sanguine Domini»), с точки зрения формы являющееся адресованным Беренгарию Турскому открытым письмом. Составленное Беренгарием Турским полемическое «Ответное сочинение против Ланфранка» исследователи считают единственным сохранившимся последовательным изложением его евхаристического богословия; оно представлено в единственной рукописи, восходящей, как полагают исследователи, к черновику Беренгария Турского. Современные исследователи считают, что Беренгарий Турский не завершил сочинение и не стал обнародовать его; нет никаких свидетельств того, что Ланфранк знал о его существовании и содержании. В 1072 г. по просьбе папы Римского Александра II Ланфранк отправил экземпляр сочинения «О Теле и Крови Господа» в Рим, однако было ли оно получено – исследователям неизвестно, т.к. нет прямых подтверждений использования сочинения Ланфранка во время рассмотрения дела Беренгария Турского Латеранским собором 1079 г. Под давлением участников Собора Беренгарий Турский вновь отрёкся от своих мнений и исповедал католическое учение; считая отречение неискренним, Ланфранк в переписке косвенно выражал неудовольствие чрезмерной мягкостью папы Римского Григория VII (1073–1085 гг.) и участников Собора, не пожелавших отлучить Беренгария Турского и всех его единомышленников от церкви. В 1063 г., исполняя просьбу герцога Вильгельма, Ланфранк покинул монастырь Бек и стал аббатом учреждённого в 1059 г. монастыря Сент-Этьен в Кане. Поскольку этот город наравне с Руаном был постоянной резиденцией герцога Вильгельма, назначение свидетельствовало, прежде всего, о желании герцога, чтобы Ланфранк находился рядом с ним и поддерживал советами его начинания, в том числе формировавшийся у герцога с начала 1060 гг. замысел завоевания Англии. В монастыре Сент-Этьен Ланфранк проявил себя как талантливый администратор: при нём было начато сооружение главного монастырского храма и многочисленных служебных построек; в 1068 г. он добился от папы Римского Александра II экземпции монастыря из юрисдикции местного епископа и его непосредственного подчинения Папскому престолу. Исследователи полагают, что к концу 1060 гг. Ланфранк стал пользоваться известностью и уважением в широких кругах населения Нормандии; так, после смерти Маурилия, архиепископа Руанского (1055–1067 гг.), клир и народ города желали, чтобы его преемником стал Ланфранк, однако герцог Вильгельм, вероятно, уже в это время планировавший назначить Ланфранка на главную кафедру Англии, предпочёл, чтобы архиепископом Руанским стал Иоанн (1067–1079 гг.), ранее занимавший кафедру Авранша (1060–1067 гг.). По поручению герцога Ланфранк в 1067 г. успешно провёл в Риме переговоры с папой Римским Александром II и получил для архиепископа Иоанна папское дозволение на смену кафедры и архиепископский палий.