Во время церковно-политического кризиса в континентальной Европе, вызванного борьбой за власть между папой Римским Григорием VII и германским императором Генрихом IV (1084–1106 гг.), Ланфранк придерживался строгого нейтралитета. Сохранились три адресованных Ланфранку письма антипапы Климента III, который был незаконно избран папой по указанию императра Генриха IV и с 1084 г. до середины 1090 гг. находился в Риме, ведя борьбу с Римскими папами Григорием VII, Виктором III (1086–1087 гг.) и Урбаном II (1088–1099 гг.). О реакции Ланфранка на призывы Климента III признать его власть в католической церкви, посетить Рим и выплатить ему полагающийся папский налог исследователям известно из письма Ланфранка одному из римских сторонников Климента III. Не отвергая прямо притязаний Климента III и замечая, что победа императора Генриха IV и его последующие действия едва ли были бы возможны без помощи Божьей, Ланфранк вместе с тем отказывался принять в Англии легатов Климента III. Уклоняясь от суждения о том, кто из претендентов является законным папой Римским, Ланфранк отмечал, что определить это можно будет лишь после прошествия необходимого времени, когда выяснится, насколько правомерны притязания каждого из них, и станет ясно, кто из них принят полнотой католической церкви. Таким образом, Ланфранк намеренно дистанцировал Английскую церковь от Рима и его политики, считая достаточным поддержание лишь формальных церковно-канонических связей с Папским престолом. Ланфранк не был сторонником регулярных архиепископских визитаций и бо́льшую часть времени проводил в пределах Кентерберийского архиепископства и при королевском дворе. После 1072 г. он лишь единственный раз покидал пределы Англии: в 1077 г. совершил недолгую поездку в Нормандию, посетив монастыри Сент-Этьен и Бек. В 1070–1080 гг. Ланфранк регулярно созывал Соборы Английской церкви, которые по своему общему направлению продолжали реформаторские тенденции, заложенные Соборами, прошедшими под руководством папских легатов ещё до прибытия Ланфранка в Англию. В большинстве случаев на Соборах присутствовал король Вильгельм I, который поддерживал их решения своим авторитетом и следил за соответствием принимаемых канонов светскому законодательству и общим принципам государственной религиозной политики. Наиболее представительными по числу участников и значимыми с точки зрения принятых на них канонов исследователи называют Соборы в Уинчестере (1072, 1076 гг.), Виндзоре (1072 г.), Лондоне (1075, 1077, 1078 гг.), Глостере (1080, 1085 гг.).