В рукописях XVI в. и позднее, как правило, содержится текст уже в редакции Палеокаппы. Совершение «Литургии апостола Иакова» не прерывалось у сирийцев, а у греков с XIII в. (у грузин – после XI в.) она полностью перестала использоваться. Изначально эта литургия не имела употребления за пределами Иерусалимского (включая Синай, где она продержалась дольше всего) и Антиохийского патриархатов, а также Грузии, но после арабского завоевания греческого Востока беженцы принесли её в Южную Италию, а известный случай с Александрийским патриархом Марком III свидетельствует о знакомстве с ней и в Египте. Тем не менее, с XIV по XVI вв. нет сообщений о совершении «Литургии апостола Иакова» где бы то ни было в православном мире. «Восстановление» (а в действительности изобретение заново) практики совершения «Литургии апостола Иакова» греческим духовенством сначала на острове Закинф, а затем и в других регионах, несомненно, было связано с распространением легенды о записи текста этой литургии апостолом Иаковом со слов Самого Христа. Этому немало способствовала деятельность Палеокаппы, который в ходе полемики с представителями западных конфессий приписал эту легенду Константинопольскому патриарху Проклу, а затем широко распространил свою подделку вместе с собственной редакцией текста «Литургии апостола Иакова» в западной богословской среде. Порядок совершения «Литургии апостола Иакова» на Закинфе в XVIII–XIX вв. исследователям неизвестен. Даже сам факт использования этой литургии духовенством этого острова между XVII в. и концом XIX в. исследователи могут подтвердить лишь утверждениями (не вполне однозначными) некоторых авторов того времени, а также наличием в принадлежавших этому духовенству рукописях помет практического характера. Фактически становление особого чина «Литургии апостола Иакова», известного в современной православной традиции, связано с личностью Закинфского архиепископа Дионисия (Латаса), опубликовавшего в 1886 г. своё видение этого чина, а затем начавшего работу по его пропаганде в греческих церковных кругах, в целом увенчавшуюся успехом (за исключением того, что в итоге чин получил широкое распространение не в редакции Дионисия (Латаса), а в её переработках авторства Хризостома (Пападопулоса) и А. Панотиса). Внешние особенности этого чина: восседание духовенства посреди храма во время чтений, провозглашение ектений лицом к народу и т.д. – не имеют отношения к аутентичной древней традиции Иерусалимской церкви. Более того, эти особенности имитируют порядок совершения литургии в Церкви Востока (у несториан):исследователи полагают, что архиепископ Дионисий исходил из анахронистической теории, относившей этот порядок к традициям апостольского времени, что в соединении с убеждением об апостольском происхождении текста «Литургии апостола Иакова» и заставило его вписать этот текст в указанный порядок.