Греческие рукописи (даже древнейшие) отражают ещё более поздний вид чина «Литургии апостола Иакова». Перед службой появляется пространная покаянная молитва священника о себе самом (а в приложении к тексту литургии – аналогичная молитва о желающих причаститься; она входит в современный русский православный Требник в качестве второй молитвы чина исповеди). Исчезают молитвы: на вход священника в храм и на его облачение, вторая молитва на «предложение святой просфоры» (при этом первая молитва перемещается на позицию после великого входа, что имеет определённое значение для богословского осмысления чина), молитва перед Трисвятым (точнее, на её место встаёт молитва, которая помещалась после Трисвятого) и главопреклонная молитва после Евангелия и диаконской ектении; часть аккламаций диакона и народа видоизменяются или исчезают. Интерполяции, появившиеся в грузинских рукописях с X в., напротив, в основном, имеются – это и ряд молитв над кадилом, и дополнительные молитвы священника о себе перед анафорой (там же появляется ещё и молитва над завесой алтаря). Диаконская ектения в начале службы выписана уже полностью, а ектения после Евангелия разделена на две части, одна из которых читается между Апостолом (вернее, аллилуиарием) и Евангелием. Такая композиция очень сомнительна литургически, поскольку не только разрывает ектению, но и отрывает аллилуиарий от Евангелия, к которому он должен служить вступлением. Но самое яркое, по мнению исследователей. отличие «Литургии апостола Иакова» в сохранившихся греческих рукописях от древней редакции литургии, засвидетельствованной в грузинском переводе, – это окончательное исчезновение ветхозаветного чтения (в рукописях указано чтение только Апостола и Евангелия) и исключение из чина тропаря на умовение рук, а также превращение тропаря на вход Святых Даров и тропаря после причащения из изменяемых (в зависимости от праздника) песнопений в фиксированные («Да молчит всякая плоть» и «Да исполнятся уста наша» соответственно). Исследователи не сомневаются, что эти перемены в чинопоследовании связаны с отказом от использования древнего иерусалимского гимнографического сборника, Тропология (где и содержались изменяемые песнопения «Литургии апостола Иакова»), и с заменой древней лекционарной системы новой, где уже не было предусмотрено чтение Ветхого Завета за литургией. В отдельных греческих рукописях эпохи до XIII в., пока «Литургия апостола Иакова» ещё совершалась на практике на Синае и, как полагают исследователи, где-то ещё, в чине засвидетельствованы некоторые дополнительные молитвы: над кадилом, во время причащения и (очевидно, по образцу византийских литургий) заамвонные.