Хотя Джон Клерк признал образование независимой от Рима Церкви Англии, по своим религиозным убеждениям оставался консерватором и тяготел в вопросах религиозной практики к католицизму; вместе с тем, опасаясь преследований, старался не высказываться открыто по спорным вопросам и внешне выражал полную поддержку церковным реформам Томаса Кромвеля и Томаса Кранмера (1489–1556 гг.). Имя Джона Клерка вместе с именами всех англиканских епископов было помещено в «Книге епископов» («Bishops' Book»; также известна под названием «Христианское наставление» – «The Institution of the Christian Man»), которая с 1537 по 1540 гг. была одним из основных вероучительных документов англиканства, однако не привлекался к работе над её текстом, проходившей под руководством Томаса Кранмера. При этом, получив от Томаса Кромвеля текст книги, в письме к нему от 5 октября 1537 г. Джон Клерк отзывался о ней с многочисленными похвалами: «По моему мнению, это наиболее ясное, точное и высокое учение, и лучше его никогда ничего не было. Не сомневаюсь, что авторы и составители книги... получат небывалую благодарность и похвалу как от Бога, так и от всего мира». В октябре 1539 г. Джон Клерк вместе с другими консервативно настроенными англиканскими епископами поддержал текст «Шести статей» («Six Articles»), в которых отвергалось лютеранское учение и принималось католическое учение по шести частным вероисповедным вопросам. Неудачный брак короля Генриха VIII с Анной Клевской (1515–1557 гг.), во многом связанная с этим опала Томаса Кромвеля, а также усиление недоверчивого отношения короля к сторонникам радикального реформирования Церкви Англии способствовали возвращению Джона Клерка ко двору. В 1540 г. король Генрих VIII отправил его с посольством к Вильгельму (1516–1592 гг.), герцогу Юлих-Клеве-Бергскому, поручив Джону Клерку объяснить герцогу причины расторжения брака с Анной Клевской, сестрой герцога. Посольство Джона Клерка было успешным, т.к. герцог не желал конфронтации с Англией и остался удовлетворённым тем, что Анна сохранила после развода высокое положение при королевском дворе. Направляясь обратно в Англию, Джон Клерк тяжело заболел в Дюнкерке (Франция); 27 сентября 1540 г. он составил здесь завещание. Хотя ходили слухи о том, что болезнь Джона Клерка была результатом намеренного отравления, исследователи не находят объективных политических или личных причин для этого и склонны считать, что Джон Клерк оказался жертвой некой инфекционной болезни. К концу 1540 г. состояние здоровья Джона Клерка несколько улучшилось, и его смогли переправить в Англию, однако вскоре болезнь вновь обострилась, и 3 января 1541 г. Джон Клерк скончался в лондонской резиденции, находившейся в упразднённом францисканском женском монастыре в районе Олдгит. Согласно источникам, Джон Клерк был погребён в расположенной неподалёку церкви святого Ботульфа («St. Botolph's Aldgate»), однако надгробия, указывающего на место его захоронения, до настоящего времени не сохранилось.