Вскоре после возвращения в Лондон в конце 1528 г. Джон Клерк оказался непосредственно вовлечённым в события, связанные со стремлением короля Генриха VIII добиться от папы Римского аннулирования брака с Екатериной Арагонской (1485–1536 гг.), которые известны как «великое дело короля» («King's Great Matter»). Несмотря на то, что его покровитель Томас Уолси выразил полную поддержку королю и был одним из инициаторов процесса аннулирования брака, Джон Клерк первоначально присоединился к лагерю сторонников королевы Екатерины. Исследователи затрудняются в объяснении этого: в отличие от других защитников королевы, например Томаса Мора и Джона Фишера, Джон Клерк не был человеком незыблемых моральных принципов и всегда был сторонником компромиссов, поэтому едва ли был склонен противостоять королю по велению совести. Исследователи полагают, что Джон Клерк понимал, что победа короля будет означать ухудшение или разрыв отношений с Римом, и, как дипломат, долгое время проработавший в Римской курии, стремился не допустить этого. Однако сближение Джона Клерка с лагерем королевы могло быть и тонким политическим ходом Томаса Уолси, желавшего иметь в её окружении верного лично ему человека. О деятельности Джона Клерка в качестве сторонника королевы Екатерины есть лишь косвенные сведения, главным образом, содержащиеся в протоколах допросов Томаса Мора и Джона Фишера. Так, из протокола допроса Джона Фишера от 12 июня 1535 г. следует, что Джон Клерк написал совместно с Томасом Мором в 1529 г. трактат в поддержку королевы, впоследствии сожжённый им, а также письмо Джону Фишеру, в котором не соглашался с предложенным королём толкованием места из книги «Левит» о жене брата (Лев. 20:21), которое использовалось как основание для аннулирования брака, и отмечал, что это место относится лишь к жене живого брата и потому неприменимо к браку короля Генриха VIII. Во время судебных слушаний, проходивших в Лондоне летом 1529 г. под председательством Томаса Уолси и Кампеджо (в качестве папских легатов), Джон Клерк был в числе назначенных для королевы Екатерины советников её защиты. Положение Джона Клерка значительно усложнилось после опалы его покровителя Томаса Уолси. Во второй половине 1530 г. Джон Клерк оказался в числе 15 клириков, которым королевским прокурором было предъявлено обвинение praemunire, т.е. обвинение в нанесении ущерба королевской власти и в незаконной финансовой поддержке Томаса Уолси. Хотя частное обвинение против Джона Клерка вскоре было снято, после смерти Томаса Уолси король Генрих VIII обвинил всё английское духовенство в поддержке кардинала и в пренебрежении королевской властью.