В качестве возможного кандидата на Папский престол рассматривался и Томас Уолси, однако Джон Клерк не имел специальных инструкций по продвижению его кандидатуры, т.к. английский кардинал не пользовался популярностью в Италии, вследствие чего это предприятие было заведомо обречено на неудачу. Сообщая Томасу Уолси об избрании папы Римского Адриана VI (1522–1523 гг.) в письме от 13 января 1522 г., Джон Клерк отмечал, что на последнем заседании конклава кандидатура Томаса Уолси была озвучена, и за неё высказались сперва девять, затем 12 и при последнем голосовании 19 кардиналов, однако для избрания этого было недостаточно. Весну и лето 1522 г. Джон Клерк провёл в Риме в ожидании приезда туда папы Адриана VI; в начале осени он был отозван в Англию. 26 марта 1523 г. Томас Уолси отказался от епископства Бат и Уэлс, которым он управлял in commendam, обменяв его на епископство Дарем; по его рекомендации новым епископом Бата и Уэлса был избран Джон Клерк. Назначение Джона Клерка было утверждено буллой папы Римского Адриана VI, изданной 26 марта 1523 г.; 2 мая указом короля Генриха VIII ему были предоставлены епископские темпоралии. В мае 1523 г. Джон Клерк вновь был направлен королём в континентальную Европу, где его задачей было проведение переговоров с папой Римским Адрианом VI, императором Карлом V и королём Франциском I о заключении мирного договора. 3 июня 1523 г. Джон Клерк прибыл в Рим и был благосклонно принят папой, однако политические переговоры с ним шли вяло и не имели заметного успеха. В донесении от 14 сентября 1523 г. Джон Клерк сообщил Томасу Уолси о последних днях и смерти папы Адриана VI. На этот раз Джон Клерк должен был добиваться избрания папой Томаса Уолси, однако в случае невозможности этого приказано поддерживать кандидатуру кардинала Джованни Медичи, политического союзника Англии. В письмах от 24 октября, 7 ноября и 2 декабря 1523 г. Джон Клерк информировал Томаса Уолси о ходе конклава, отмечая, что основная борьба шла между профранцузскими кардиналами и сторонниками Медичи (последним удалось одержать победу, и новым папой с именем Климент VII стал Джованни Медичи). В декабре 1523 г. в Риме состоялась епископская хиротония Джона Клерка; он представлял интересы Англии при Римском престоле до декабря 1525 г. С июля 1526 г. по сентябрь 1527 г. и с марта по ноябрь 1528 г. Джон Клерк был послом Англии при дворе короля Франции Франциска I. Сохранились и частично опубликованы относящиеся к этому периоду многочисленные донесения Джона Клерка в Лондон (их содержание свидетельствует, что Джон Клерк профессионально и компетентно представлял Англию, однако не мог добиться особых успехов, поскольку был заложником противоречивой политики Генриха VIII, который желал, с одной стороны, ослабить политическое влияние Франции в Европе, а с другой стороны – избежать полномасштабной войны с ней и не допустить усиления её главного противника – императора Священной Римской империи Карла V).