Временный компромисс между клириками и королём был достигнут в ходе Конвокации 1530/1531 гг., участники которой согласились выплатить королю значительную сумму денег в виде штрафа и впервые признали, хотя и с оговорками, короля главой Английской католической церкви (Джон Клерк был в числе подписавших это решение). Несмотря на постоянную опасность оказаться в опале и быть привлечённым к королевскому суду, Джон Клерк в 1531–1532 гг. продолжал оставаться в числе противников аннулирования брака. Во время представления в марте 1531 г. в палате лордов английского парламента отзывов европейских университетов, поддержавших аннулирование брака, Джон Клерк и Генри Стандиш (около 1475 – 1535 гг.), епископ Сент-Асафа, выступили с протестом и заявили, что парламент не вправе выносить решение по столь важному вопросу без надлежащего исследования и учёта мнений всех сторон. В мае 1532 г. Джон Клерк отказался подписывать «Покорность клира» («Submission of the Clergy») – решение Конвокации о том, что король является высшим судьёй в церковных делах. Исследователи полагают, что король Генрих VIII пытался склонить Джона Клерка к покорности разными способами: в сентябре 1532 г. Джон Клерк был в числе свиты короля Генриха VIII и Анны Болейн во время их поездки в Кале для встречи с королём Франции Франциском I (однако документы свидетельствуют, что король при этом по разным поводам налагал на диоцез Джона Клерка значительные финансовые взыскания, которые епископ был вынужден выплачивать). Летом 1533 г., видя неизбежность отделения Англии от церковной власти Рима, Джон Клерк уступил давлению короля Генриха VIII и встал на его сторону. Он не только участвовал в коронации Анны Болейн, состоявшейся 1 июня 1533 г., но и убеждал (безуспешно) сделать то же самое Томаса Мора. 6 июля 1534 г. Джон Клерк вместе с духовенством его диоцеза в кафедральном соборе Уэлса подписал «Акт о супрематии» короля в Церкви Англии («Act of Supremacy»), а 10 февраля 1535 г. – декларацию об отказе признавать папскую юрисдикцию и подчиняться любой иноземной власти. Хотя Джон Клерк формально не подвергался наказаниям за прежнюю позицию, фактически он оказался в полной зависимости от Томаса Кромвеля (около 1485 – 1540 гг.), который в этот период был ближайшим советником короля Генриха VIII и определял всю церковную политику в Англии. В 1530 гг. Джон Клерк был вынужден отказаться в пользу короля или Томаса Кромвеля от многих принадлежавших ему бенефициев и церковного имущества, в том числе от епископской резиденции в Лондоне; он перестал играть сколько-нибудь значительную роль при королевском дворе и основное время уделял делам своего диоцеза. Документация, относящаяся к его деятельности в подведомственных ему церковных областях, сохранилась лишь частично, однако на основании прямых и косвенных свидетельств исследователи заключают, что Джон Клерк был внимательным и строгим администратором: регулярно совершал визитации, заботился об упорядочении жизни духовенства, боролся с еретическими группами и т.п.