Сложившаяся система была удобной для податного населения и низовой администрации. Крестьяне, мигрировавшие из деревни в деревню, могли избегать включения в списки налогоплательщиков. Вновь распаханные земли можно было утаивать от налогообложения. Реальный объём сельскохозяйственной продукции был выше, чем полагали в администрации халифа и египетских наместников. В первые десятилетия арабского владычества экономика Египта процветала, население росло. Одним из наиболее изученных (как по археологическим материалам, так и по папирусной документации) коптских сообществ того периода является поселение Джеме напротив Луксора. Джеме и окружавшие его деревни и монастыри представляли собой почти саморегулирующийся социальный организм, где сельскохозяйственная и торговая деятельность продолжалась в рамках привычных византийских традиций, а мусульманская власть вмешивалась в местные дела только в случае неуплаты налогов. Коптская церковь первоначально функционировала полностью автономно от мусульманского государства. Вопрос передачи патриаршей власти решался внутри христианской общины. Патриархи Агафон и Иоанн III Милостивый были подготовлены к патриаршеству своими предшественниками и возведены на престол незамедлительно. Потом процедура избрания патриарха усложнилась: в ней стали участвовать как различные христианские группы, так и мусульманские власти. Начиная с патриаршества Исаака (688/689 – 691 гг.) назначение предстоятеля Коптской церкви определялось арабским наместником под влиянием его секретарей-христиан или по представлению епископов. Временами патриарший престол по несколько лет пустовал. Первый конфликт коптского патриарха и мусульманских властей произошёл в начале наместничества Абд аль-Азиза (685–705 гг.), сына халифа Мервана I. Халкидонит Феофан, управлявший Мареотидой, обвинил патриарха Иоанна III в том, что он высокомерно относится к эмиру. Патриарх был арестован и обложен штрафом 10 тыс. динаров, который выплатили коптские старейшины Александрии. Впоследствии произошло примирение патриарха и Абд аль-Азиза. Этот наместник изображается в коптской историографии как покровитель христиан. Ближайшим советником Абд аль-Азиза был яковит Афанасий бар Гумойе из Эдессы. Как человек, причастный к распределению налоговых поступлений, Афанасий обладал немалыми богатствами, часть которых вложил в церковное строительство, в том числе в возведение двух церквей в Фустате. Исследователям известно сказание о религиозном диспуте патриарха Иоанна, некоего халкидонита и еврея, который проходил в присутствии Абд аль-Азиза. Патриарх сокрушил доводы своих оппонентов, и арабский правитель признал истинность его вероисповедания. Другое предание отражает довольно тесные отношения Абд аль-Азиза и патриарха Исаака, присутствовавшего на пирах наместника.