После арабского завоевания все налоговые поступления Египта были перенаправлены в Фустат. Экспорт зерна, раньше осуществлявшийся через Александрию в страны Средиземноморья, теперь шёл через Фустат в Медину. Морская торговля пришла в упадок в связи с общим кризисом позднеантичного хозяйства Средиземноморья и переориентацией экономических связей. Всё это способствовало быстрой деградации Александрии и разрастанию новой столицы Египта. Площадь городской застройки Александрии к середине IX в. сократилась в восемь раз по сравнению с площадью греко-римского времени. Политические перемены в Египте вызвали большой отток населения из страны, прежде всего, грекоязычных горожан. Копты отнеслись к смене власти пассивно-выжидательно. Мусульманское завоевание практически не отражено в коптских источниках, современных этому событию. Самые ранние упоминания о нём, часто относительно нейтральные, содержатся в нарративных текстах и житийной литературе рубежа VII и VIII вв. В коптских апокалиптических сочинениях той же эпохи приход мусульман истолковывался как провозвестие последних времён. Первоначально же положение коптов при арабах улучшилось, потому что прекратились религиозные преследования. Мусульмане предоставили своим иноверным подданным статус зиммиев – «покровительствуемых», пользующихся свободой вероисповедания и внутренней автономией в обмен на политическую лояльность и уплату подушной подати (джизьи), от которой были освобождены священники, монахи и неимущие. Крах византийской власти открыл для Коптской церкви возможности укрепления своего положения во всех сферах – от экономической до духовной. VII–VIII века стали периодом расцвета коптской культуры. Патриарх Вениамин I торжественно возвратился из изгнания, был принят Амром и утверждён им в роли предстоятеля египетских христиан. Патриарх Вениамин, почитавшийся коптами как исповедник, предпринимал усилия по консолидации своей паствы, в первую очередь, по восстановлению антихалкидонской иерархии, целенаправленно разрушавшейся Киром. Одного из своих приверженцев Вениамин поставил во главе Эфиопской церкви. Египетские христиане, принявшие монофелитское исповедание в период гонений Кира, массово переходили в монофизитство; возвращались бежавшие от преследований Кира в Киренаику. Коптам достались почти все мелькитские церкви и монастыри. Мелькитская община резко сократилась в числе и потеряла влияние в Египте. Коптская церковь постепенно вобрала в себя ряд мелких «диссидентских» группировок монофизитов – гайанитов, варсонофитов, фантазиастов и др. Преемники Вениамина продолжали его политику интеграции мелькитов в Коптскую церковь и укрепления иерархии. Перешли в монофизитство общины Киренаики и Ликополя. Патриарх Симон (692–700 гг.) стремился рукоположить епископа в каждое относительно крупное селение. Тем не менее, в Египте сохранялись и другие исповедания.