В 630 гг. завоевание арабами Сирии отрезало Египет от Византийской империи. В декабре 639 г. одновременно с военными действиями мусульман в Верхней Месопотамии арабский полководец Амр ибн аль-Ас вторгся в Египет с трёхтысячным отрядом (впоследствии его численность выросла до 15 тыс.). Источники сохранили свидетельства о серьёзных опасениях халифа Умара по поводу этого похода, который выглядел как безумная авантюра – население Египта, даже сократившееся в годы «Юстиниановой чумы», составляло не меньше 3 млн. человек, а размещённые в стране византийские войска (пусть не лучшего качества) насчитывали около 25–30 тыс. Однако арабское завоевание облегчил кризис византийского общества. В Египте был достаточно высок накал противостояния имперских властей и местного населения, симпатизировавшего монофизитству. Православный Александрийский патриарх Кир, обладавший также полномочиями главы налоговой администрации, рьяно насаждал монофелитство, жестоко искореняя инакомыслие. Коптский патриарх Вениамин I укрывался в монастырях в пустыне. Пассивная враждебность или безразличие коптского населения деморализовали византийские гарнизоны. В науке XIX в. господствовало представление о том, что копты восприняли мусульман чуть ли не как избавителей от имперского гнёта. Оно подверглось критике А. Дж. Батлера (1902 г.), указывавшего на примеры упорного сопротивления арабам коптских городов Дельты, даже лишённых поддержки центральных властей. Однако большинство историков не сочли его аргументы достаточно убедительными. Факт морального кризиса и пораженческих настроений византийской стороны не подлежит сомнению. Население Египта было деморализовано как недавними успехами персов, контролировавших страну в 619–629 гг., так и победами арабов, овладевших Святой землёй. Даже в разгар арабского вторжения продолжались конфликты политических группировок, объединённых в цирковые партии «синих» и «зелёных», а деятельность местной администрации нередко была парализована противоречиями военачальников и чиновников, одни из которых выступали за борьбу до победы, а другие готовы были идти на уступки завоевателям. Разрозненные ромейские контингенты, предназначенные для выполнения, скорее, полицейских, чем военных функций, не были подготовлены и не имели достаточно вооружения, чтобы противостоять арабам в открытом поле. Арабы неизменно одерживали победы над византийцами в полевых сражениях, но не смогли взять штурмом ни один город. Города сдавались добровольно, будучи отрезанными от поступления продовольствия из сельской округи. После ряда сражений и взятия арабами нескольких крепостей на восточной кромке Дельты патриарх Кир вступил в переговоры с Амром, предлагая ему покинуть Египет за выкуп. Император Ираклий, узнав об этом, обвинил Кира в измене и отправил его в ссылку. Здесь отразились тенденция политики Ираклия заменять местных администраторов, склонных к самостоятельным соглашениям с арабами, бескомпромиссными военными лидерами, а также противоречия между патриархом Киром, который контролировал огромные земельные и финансовые ресурсы Александрийской церкви, и константинопольской бюрократией, подозревавшей его в сепаратизме. Амр возобновил военные действия и вторгся в Дельту. Арабское завоевание Египта в значительной степени свелось к борьбе за контроль над Бабальюном (Вавилоном Египетским), крепостью, находившейся в городской черте современного Каира.