Началом самостоятельной истории Коптской церкви исследователи считают возникновение независимой монофизитской иерархии во главе с патриархом в конце 370 гг. (о предшествующем периоде см. в ст. Александрийская православная церковь). После низложения в 537 г. Александрийского патриарха-антихалкидонита Феодосия I в результате мер, принятых правительством Римской империи, монофизитская иерархия в Египте была фактически ликвидирована посредством запрета рукоположений. Контроль над египетскими церквами полностью перешёл к православным-халкидонитам. Александрийскую патриаршую кафедру отныне стали занимать ставленники императора, которые нередко рукополагались Константинопольским патриархом. Сторонники монофизитства сохранялись среди провинциального клира и многочисленного египетского монашества, наиболее влиятельной частью которого была братия Скита. В 575 г. монофизиты епископ нобатов Лонгин и епископ Фил Феодор в нарушение канонов избрали на патриарший престол некоего Феодора. Монофизитские клирики Александрии не признали избрания Феодора, что не помешало ему вступить в общение с монофизитским Антиохийским патриархом Павлом из Бет-Уккаме и с Иоанном Эфесским. В 576 г. Феодор вместе с Лонгином покинул Египет и провёл некоторое время в Тире, в 579 или 580 г. вернулся в Александрию, где стал подвизаться в одном из монастырей. В 580 г. совершил поездку на Кипр, а затем вновь вернулся в Египет, после чего о нём нет никаких сведений. Скончался он, как полагают исследователи, через несколько лет после этой даты, не оставив после себя сторонников. В 575 г. в результате деятельности Иакова Барадея опять же в нарушение канонов был тайно поставлен патриархом Александрийским Пётр IV. Поскольку все неправославные епископы в это время находились на нелегальном положении, Пётр не мог появляться в Александрии и избрал местом своего пребывания монастырь Энатон, расположенный в девяти милях от Александрии. Пётр скрывал своё патриаршее достоинство, выдавая себя за ссыльного епископа. Будучи противником Павла Антиохийского, он рукоположил на Антиохийскую кафедру некоего Феофана. В период, когда Пётр именовал себя Александрийским патриархом, различные монофизитские группировки выдвинули в качестве патриархов ещё, по крайней мере, двоих. Сам Пётр, согласно преданию, рукоположил до 70 епископов для разных областей Египта, создав тем самым монофизитскую иерархию. Впрочем, эта цифра, по мнению исследователей, выглядит легендарной. Пётр сделал своим писцом образованного сирийца Дамиана, который прежде подвизался в монастыре святого Иоанна Колова в Ските, а затем перешёл в Энатон. После смерти Петра Дамиан был избран на его место (578 г.). Дамиан вёл активную деятельность по наведению порядка в среде египетских монофизитов. Несмотря на запрет властей и православных патриархов, ему неоднократно доводилось бывать в Александрии и, как полагают исследователи, удалось утвердить свою власть среди большей части монофизитов Египта, прежде всего, Нижнего.