Так, в 695 г. наместник Египта собрал в Фустате 64 епископа от всех христианских деноминаций страны (коптов-монофизитов, гайанитов, варсонофитов и мелькитов) по поводу появившейся в Египте ереси, приверженцы которой отрицали брак. Сохранились сведения о дальнейшем противоборстве Коптской церкви с варсонофитами: в первой трети VIII в. еретические общины ряда городов центральной Дельты, в частности, Баны (Кинополь), были вынуждены воссоединиться с коптским патриархатом под угрозой мусульманских властей удвоить налогообложение. В начале IX в. патриарх Марк II крестил последних лидеров варсонофитов, примеру которых последовали их сторонники. Египет оказался одной из немногих провинций халифата, где завоевание не сопровождалось антиарабскими восстаниями. Исследователи это объясняют тем, что местное население почти не ощущало мусульманского присутствия. Арабы жили отдельно от коптов. Численность арабского войска, размещённого в Фустате, не превышала 40 тыс. человек. Позже из его состава был выделен 15-тысячный контингент, переселённый в Александрию, однако арабы чувствовали себя там крайне неуютно. Гражданские войны в халифате 656–661 и 683–695 гг. затронули лишь арабскую военную элиту Египта, но не христиан. Уровень налогообложения был не выше, чем при византийцах. Арабские власти не были заинтересованы в массовом обращении в ислам податного населения, т.к. это сократило бы налоговые поступления. Военная корпорация (джунд) арабов Фустата категорически противилась дальнейшему притоку в страну мусульман, опасаясь за своё привилегированное положение и контроль над ресурсами Египта. Арабы не имели опыта управления развитым урбанистическим обществом, поэтому не пытались менять существовавшие административные структуры и их персонал. Система исчисления и сбора налогов осталась прежней, использовались старые земельные кадастры, делопроизводство велось на греческом языке. На низовом уровне финансовая отчётность составлялась на коптском языке. Многие египетские чиновники были греками-халкидонитами, сохранившими свои позиции с византийских времён. Эти администраторы часто облагали Коптскую церковь тяжёлыми поборами. Больше всего проблем такого рода причинил коптским патриархам Феофан, поставленный халифом Язидом I (680–683 гг.) во главе Александрии и Мареотиды (Марьюта), выведенных из юрисдикции египетского наместника. Упоминание о джизье в коптских источниках впервые появляется при описании правления преемника Вениамина патриарха Агафона. Патриарх нёс ответственность за выплату подушного и поземельного налога всеми церковными институтами. Египет находился под управлением эмира (губернатора), назначавшегося халифом. На местах власть оставалась у христианских региональных элит. Страна была разделена на маленькие административные районы – кувар (единственное число – кура), возглавлявшиеся пагархами. Они назначались государством и были ответственны за организацию сельскохозяйственных работ и сбор налогов с подчинённых деревень. Пагархи, как и крестьяне, были коптами-христианами.