В 1983 г. под давлением Афинского архиепископа и Синода Прокопий (Менутис) был вынужден подать в отставку. Возглавляющий в настоящее время епархию митрополит Спиридон (Калафатакис) приложил усилия к восстановлению монастырских построек и открыл церковный музей в монастыре апостола Андрея Милапидиас. В Кефалинийской митрополии организованы кассы помощи бедным, в том числе фонд «Святой Герасим», действуют два дома престарелых в Аргостоли и приют для бедных в Ликсури. В 2013 г. в епархии насчитывалось 87 приходских храмов и три кладбищенские церкви. В Кефалинийской митрополии действуют пять мужских и четыре женских монастырей. Мужские монастыри: Пресвятой Богородицы на горе Атрос (упоминается с 1264 г.); Пресвятой Богородицы в Агрилии близ Сами (основан в 1721 г. на месте обретения чудотворной иконы Божьей Матери); Пресвятой Богородицы (Фематон) близ Пилароса (по преданию, существует с Х–XI вв., отреставрирован в 1990 гг., в монастыре хранится чтимая икона Божьей Матери «тон Фематон»); Пресвятой Богородицы в местности Кипурия, в 15 км от Ликсури (основан в 1759 г., в обители находится чудотворная икона Благовещения Пресвятой Богородицы); Пресвятой Богородицы (Сиссион) близ села Лурдата (по преданию, основан святым Франциском Ассизским в первой половине XIII в., передан православным в XVI в., в монастыре почитаются иконы Божьей Матери Сиссийской критского иконописца Андреаса Рицоса XV в. и «Акафистная» XVII в. Стефана Цангароласа). Женские монастыри: преподобного Герасима Кефалинийского, апостола Андрея Первозванного (Милапидиас), Эставромену (т.е. Распятого) близ села Песада (построен в 1618 г. на месте византийской обители), Пресвятой Богородицы (Коронату) близ Ликсури (основан в конце XV в., женская обитель с 1926 г., икона Божьей Матери Корониотиссы утрачена, чтится её список – «Дакрирроуса» (т.е. Слезоточивая), этот образ сохранил монастырь от разрушений во время землетрясений 1867 г.). Монастырь преподобного Герасима Кефалинийского имеет два подворья: пещеру святого Герасима в Ласи близ Аргостоли, где первоначально был его аскитирий, и монастырь святой Параскевы и преподобного Анфима Кефалинийского (Астипалейского) в селении Лепеда (основан в 1687 г. как мужской, разрушен землетрясением, в 1769 г. восстановлен и преобразован в женский монастырь преподобным Анфимом (Куруклисом), подвизавшимся и скончавшимся в нём; святыня – чудотворная икона святой Параскевы). Монастырь Пресвятой Богородицы (Палеохерсу) близ селения Дефераната (основан около 1600 г.) является подворьем монастыря Пресвятой Богородицы (Фематон), а монастырь Благовещения Пресвятой Богородицы (Евангелистрии) на островке Вардиани – подворьем монастыря Пресвятой Богородицы (Коронату; время основания исследователям неизвестно, исследователи полагают, что существовал уже в XII–XIII вв., восстанавливался после землетрясений в 1469, 1560 и 1658 гг., разрушен в период Второй мировой войны, возрождён в 1988 г.). На окраине села Маркопуло расположен приходский храм Пресвятой Богородицы Фидусы, в котором хранится чудотворная икона Божьей Матери Лангувардской. Прежде здесь находился женский монастырь. По преданию, он был осаждён пиратами, и монахини, затворившись в церкви, молили Бога спасти их от бесчестья.